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- PDB-6sxv: GH51 a-l-arabinofuranosidase soaked with aziridine inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxv
タイトルGH51 a-l-arabinofuranosidase soaked with aziridine inhibitor
要素GH51 a-l-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE / Covalent complex / Arabinofuranosidase / GH51 / Geobacillus
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like ...Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ETE / Chem-LXE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Rational Design of Mechanism-Based Inhibitors and Activity-Based Probes for the Identification of Retaining alpha-l-Arabinofuranosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Artola, M. / Nin-Hill, A. / Linzel, D. / Haon, M. / Reijngoud, J. / Ram, A. / Rosso, M.N. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / van Wezel, G.P. / Berrin, J.G. / Rovira, C. ...著者: McGregor, N.G.S. / Artola, M. / Nin-Hill, A. / Linzel, D. / Haon, M. / Reijngoud, J. / Ram, A. / Rosso, M.N. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / van Wezel, G.P. / Berrin, J.G. / Rovira, C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH51 a-l-arabinofuranosidase
B: GH51 a-l-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,26617
ポリマ－114,5702
非ポリマー1,69615
水15,475859
1
A: GH51 a-l-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1509
ポリマ－57,2851
非ポリマー8658
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GH51 a-l-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1168
ポリマ－57,2851
非ポリマー8317
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.994, 178.994, 100.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GH51 a-l-arabinofuranosidase


分子量: 57284.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: AbfA / プラスミド: pET28-NHisTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: Q9XBQ3, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
非ポリマー , 6種, 874分子

#2: 化合物 ChemComp-LXE / [(1~{S},2~{S},3~{S},4~{S})-2-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)cyclopentyl]azanium


分子量: 148.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 % / 解説: Rhombohedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2:1 protein:well solution. 0.1 M pH 7.5 Tris-HCl buffer, 18% PEG3350, 0.7 M NH4F, 5% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.85 Å / Num. obs: 235421 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 16547 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSAug. 8, 2018データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PZ3

1pz3


解像度: 1.402→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1784 12425 5.278 %
Rwork0.1702 --
all0.171 --
obs-235420 99.512 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.055 Å20.027 Å20 Å2
2--0.055 Å20 Å2
3----0.177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.402→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7747 0 110 859 8716
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0138288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0177475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.6411320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5371.57417302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.52751064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.91322.579411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.714151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7191542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.029346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0260.021753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21636
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2150.26915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.23915
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.23360
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1450.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3440.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3180.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1940.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4641.9244071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4631.9254072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9972.9065108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9992.9065108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7712.1154217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7712.1164218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8083.0896182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8083.0886183
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.43523.1659473
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.26122.6399278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.402-1.4380.2597820.27115756X-RAY DIFFRACTION94.4867
1.438-1.4780.2567940.24816276X-RAY DIFFRACTION99.9941
1.478-1.520.2347750.22715786X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.5670.2268200.22115283X-RAY DIFFRACTION100
1.567-1.6190.2026690.20614988X-RAY DIFFRACTION100
1.619-1.6750.2037830.214332X-RAY DIFFRACTION100
1.675-1.7390.2047780.19213759X-RAY DIFFRACTION100
1.739-1.810.2028520.18613180X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.890.1928520.17812570X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.9820.1897450.1812115X-RAY DIFFRACTION99.9689
1.982-2.0890.1926880.1811569X-RAY DIFFRACTION99.9511
2.089-2.2160.1916770.17510830X-RAY DIFFRACTION99.9305
2.216-2.3690.1626580.15610203X-RAY DIFFRACTION99.9632
2.369-2.5590.1714780.159620X-RAY DIFFRACTION99.9406
2.559-2.8030.1524630.1468837X-RAY DIFFRACTION99.8175
2.803-3.1330.1694330.1567956X-RAY DIFFRACTION99.8334
3.133-3.6170.1763790.1627044X-RAY DIFFRACTION99.7581
3.617-4.4280.1423500.1345860X-RAY DIFFRACTION99.679
4.428-6.2540.1542700.1514569X-RAY DIFFRACTION99.7526
6.254-29.850.1771790.1912462X-RAY DIFFRACTION98.9509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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