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- PDB-6sxr: E221Q mutant of GH54 a-l-arabinofuranosidase soaked with 4-nitrop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sxr
タイトルE221Q mutant of GH54 a-l-arabinofuranosidase soaked with 4-nitrophenyl a-l-arabinofuranoside
要素Alpha-L-arabinofuranosidase B
キーワードHYDROLASE / Michaelis Complex / Arabinofuranosidase / GH54 / Aspergillus
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinose metabolic process / arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / pectin catabolic process / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase B, catalytic / Alpha-L-arabinofuranosidase B / Alpha-L-arabinofuranosidase B, catalytic / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 ...Alpha-L-arabinofuranosidase B, catalytic / Alpha-L-arabinofuranosidase B / Alpha-L-arabinofuranosidase B, catalytic / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain / Alpha-L-arabinofuranosidase B, arabinose-binding domain superfamily / Alpha-L-arabinofuranosidase B (ABFB) domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 4-nitrophenyl alpha-L-arabinofuranoside / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alpha-L-arabinofuranosidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus kawachii IFO 4308 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者McGregor, N.G.S. / Davies, G.J. / Nin-Hill, A. / Rovira, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R001162/1 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Rational Design of Mechanism-Based Inhibitors and Activity-Based Probes for the Identification of Retaining alpha-l-Arabinofuranosidases.
著者: McGregor, N.G.S. / Artola, M. / Nin-Hill, A. / Linzel, D. / Haon, M. / Reijngoud, J. / Ram, A. / Rosso, M.N. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / van Wezel, G.P. / Berrin, J.G. / Rovira, C. ...著者: McGregor, N.G.S. / Artola, M. / Nin-Hill, A. / Linzel, D. / Haon, M. / Reijngoud, J. / Ram, A. / Rosso, M.N. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / van Wezel, G.P. / Berrin, J.G. / Rovira, C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-L-arabinofuranosidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,03135
ポリマ－50,8831
非ポリマー4,14834
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint37 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.970, 111.970, 341.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

PEG

21A-750-

HOH

31A-929-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-L-arabinofuranosidase B / Arabinosidase B


分子量: 50882.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus kawachii IFO 4308 (カビ)
遺伝子: abfB, AKAW_08685 / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q8NK89, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-KHP / 4-nitrophenyl alpha-L-arabinofuranoside / 2-HYDROXYMETHYL-5-(4-NITRO-PHENOXY)-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 4-NITROPHENYL-ARA / 4-nitrophenyl alpha-L-arabinoside / 4-nitrophenyl L-arabinoside / 4-nitrophenyl arabinoside


タイプ: L-saccharide / 分子量: 271.223 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
4-nitrophenyl-AraIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 7種, 381分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#10: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 34 %
解説: Triangular prisms roughly twice as long as the triangle face is tall.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2:1 protein:well solution. 0.1 M pH 4.5 sodium acetate buffer, 60% PEG400, 0.4 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月19日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→93.28 Å / Num. obs: 99211 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 12.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4864 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 2.319 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
xia20.5.898データ削減
DIALS1.14.9データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WD3

1wd3


解像度: 1.64→93.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 5141 5.182 %Random selection
Rwork0.1596 ---
all0.161 ---
obs-99210 98.143 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20.22 Å2-0 Å2
2--0.44 Å2-0 Å2
3----1.427 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→93.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 0 260 352 4184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0133896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0370.0173273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8731.6965256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.5381.6127621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5625480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.40224.044183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7315498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7651512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2160.23144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21912
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3060.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.5010.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0132.5451925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9352.5421922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4873.8052402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4913.8062403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3963.0081971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3623.0011968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8224.3142853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7544.3022848
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.4532.0014256
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.34931.6514201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.6830.3053760.2986814X-RAY DIFFRACTION96.835
1.683-1.7290.2943650.2736624X-RAY DIFFRACTION97.1234
1.729-1.7790.2533410.2476499X-RAY DIFFRACTION97.325
1.779-1.8330.2443320.2346337X-RAY DIFFRACTION97.5856
1.833-1.8940.2213430.2026117X-RAY DIFFRACTION97.6716
1.894-1.960.2013380.1845941X-RAY DIFFRACTION97.8647
1.96-2.0340.1812990.1615762X-RAY DIFFRACTION98.011
2.034-2.1170.1662770.1495563X-RAY DIFFRACTION98.2338
2.117-2.2110.1873170.1425311X-RAY DIFFRACTION98.34
2.211-2.3190.1752740.1385118X-RAY DIFFRACTION98.556
2.319-2.4440.1642620.1344877X-RAY DIFFRACTION98.486
2.444-2.5930.1762530.1334629X-RAY DIFFRACTION98.8259
2.593-2.7720.1852400.1394365X-RAY DIFFRACTION99.011
2.772-2.9930.1892150.1494088X-RAY DIFFRACTION99.1246
2.993-3.2790.1782170.1543774X-RAY DIFFRACTION99.2786
3.279-3.6660.1722130.1573404X-RAY DIFFRACTION99.3954
3.666-4.2320.141770.143037X-RAY DIFFRACTION99.4123
4.232-5.1810.1441300.1242603X-RAY DIFFRACTION99.3818
5.181-7.320.1641120.1712028X-RAY DIFFRACTION99.0741
7.32-93.280.235600.2141178X-RAY DIFFRACTION97.2506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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