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万見
- PDB-6sx8: Mopeia Virus Exonuclease domain complexed with Manganese -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sx8
タイトルMopeia Virus Exonuclease domain complexed with Manganese
要素Nucleoprotein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / 3-5 Exonuclease / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mopeia virus AN20410 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nguyen, T.H.V. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Arenaviridae nucleoprotein exonuclease by bisphosphonate
著者: Nguyen, T.H.V. / Yekwa, E. / Selisko, B. / Canard, B. / Alvarez, K. / Ferron, F.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3676
ポリマ－47,1262
非ポリマー2414
水4,143230
1
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6833
ポリマ－23,5631
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6833
ポリマ－23,5631
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.537, 38.014, 137.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.940, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 23563.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mopeia virus AN20410 (ウイルス) / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5S581, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, PEG 8000 manganese / PH範囲: 6.2-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月25日 / 詳細: monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→68.52 Å / Num. obs: 44791 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 163593 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.79-1.883.70.3552394165030.9750.2140.4162.699.4
5.65-68.523.30.027503515050.9990.0160.03237.998.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.16 Å68.52 Å
Translation6.16 Å68.52 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LS4

5ls4


解像度: 1.8→38.82 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2120 4.87 %
Rwork0.2108 --
obs0.2129 43495 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.39 Å2 / Biso mean: 43.9773 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→38.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 4 230 3417
Biso mean--38.1 47.04 -
残基数----397
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.84190.37021460.3026266898
1.8419-1.88790.37511400.3014272698
1.8879-1.9390.35271540.2851269098
1.939-1.9960.3331290.2768275399
1.996-2.06050.3291350.2669275398
2.0605-2.13410.31361490.2549270499
2.1341-2.21950.31171380.2457275399
2.2195-2.32050.26621450.2133273199
2.3205-2.44290.24891490.2181277199
2.4429-2.59590.26731430.2269277699
2.5959-2.79630.26251490.2358276199
2.7963-3.07760.27831330.2309279599
3.0776-3.52260.26681200.2112282699
3.5226-4.43710.20941290.1799279198
4.4371-38.820.21111610.1736287798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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