[日本語] English
万見
- PDB-6sx0: Specific dsRNA recognition by wild type H7N1 NS1 RNA-binding domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sx0
タイトルSpecific dsRNA recognition by wild type H7N1 NS1 RNA-binding domain
要素
  • Non-structural protein 1
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*UP*AP*CP*C)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / INFLUENZA VIRUS (オルトミクソウイルス科) / RNA-BINDING DOMAIN (RNA結合タンパク質) / RNA-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Coste, F. / Wacquiez, A. / Marc, D. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Structure and Sequence Determinants Governing the Interactions of RNAs with Influenza A Virus Non-Structural Protein NS1.
著者: Wacquiez, A. / Coste, F. / Kut, E. / Gaudon, V. / Trapp, S. / Castaing, B. / Marc, D.
履歴
登録2019年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
C: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*UP*AP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*UP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,69310
ポリマ－29,7144
非ポリマー1,9796
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.785, 60.397, 87.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1


分子量: 8817.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/turkey/Italy/977/1999(H7N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Italy/977/1999(H7N1) / 遺伝子: ns1, NS, NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1PST0
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*AP*CP*UP*GP*UP*UP*AP*CP*AP*GP*UP*UP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6039.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 354.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 100mM CHES, 30% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.26 Å / Num. obs: 27291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.546 / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.64 / Rrim(I) all: 1.675 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SW8

6sw8


解像度: 1.75→43.259 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 2555 4.98 %
Rwork0.1714 --
obs0.1731 27229 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.8 Å2 / Biso mean: 42.1301 Å2 / Biso min: 24.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→43.259 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 779 65 160 2104
Biso mean--65.17 45.91 -
残基数----179
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.7837 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3673 133 -
Rwork0.3365 2739 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07670.74270.34722.0564-1.95295.50540.0869-0.0664-0.2341-0.0630.20470.15870.3255-0.19-0.280.2540.01-0.02360.24830.00430.4171-7.1719-9.443615.7615
20.9697-0.87530.514.0881-3.15344.27310.09770.216-0.217-0.4167-0.1275-0.08850.45580.3075-0.00680.2701-0.0136-0.00850.2332-0.0490.32930.0355-9.75769.2733
34.822-0.48853.77627.0548-2.57538.15970.3746-0.1253-0.8693-0.0210.09511.15620.1947-0.6761-0.40320.2446-0.0581-0.00010.36390.04260.4813-13.5391-11.417519.8642
42.9657-0.1688-2.78022.6894-0.21597.9028-0.07430.2937-0.0256-0.15980.07750.3461-0.0153-0.82450.00790.250.0008-0.04230.2684-0.00480.3624-8.92941.8858.2256
54.1707-4.110.00584.1318-0.16672.04850.0287-0.60540.14490.52330.2629-0.0424-0.72-0.4861-0.32080.45360.09010.07970.42520.03850.4229-8.1010.14526.673
61.0128-1.22891.77298.2088-8.30629.948-0.12930.0665-0.00270.282-0.2107-0.2225-0.45630.35890.3370.2478-0.0097-0.02480.2599-0.02570.3133-0.69645.877412.608
78.52435.4656-3.52234.8626-3.7065.4896-0.04270.0711-0.10210.01620.0941.07030.0201-0.8748-0.1510.2898-0.0039-0.10120.4437-0.00230.4865-15.66471.73244.6082
87.49456.5059-5.72997.9534-5.3694.4489-0.1346-0.3993-0.28740.0682-0.1987-0.29110.07860.43070.34270.3406-0.03450.00620.33070.04080.24818.72448.7378-0.7616
97.7368-4.09332.51128.1475-2.2247.0825-0.6128-0.2311-0.56510.37360.4478-0.0787-0.01030.89340.23480.36930.04570.0010.51290.01080.387312.548-5.08328.1477
105.49181.2243-2.83256.6857-3.99196.296-0.02460.11530.0380.0954-0.1733-0.66970.22810.75340.13020.24080.02-0.08750.37960.0080.289511.6035-3.335826.9868
115.2141-1.71325.79093.6179-2.6969.89790.02240.2919-0.3276-0.03480.24790.0319-0.15560.8165-0.29190.319-0.0273-0.01690.3799-0.0230.301312.313-10.399726.3141
125.0276-2.70234.84596.42560.25347.0002-0.37760.49050.2415-0.38590.58390.0777-0.25740.5532-0.150.3118-0.05880.00760.49070.05110.381411.68642.817716.0253
134.02422.26385.91823.71673.48728.706-0.12130.5942-0.2282-0.41140.3766-0.744-0.62871.4274-0.32220.4017-0.11720.15370.6141-0.00270.489417.0369-1.77921.7379
142.35550.2972-1.31537.30683.44842.61650.2050.60960.339-0.8144-0.256-0.19360.0657-0.06990.04660.42660.0220.03290.42570.03510.2942.67583.5623-8.008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 24 )A2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 50 )A25 - 50
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 71 )A51 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 24 )B1 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 29 )B25 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 30 through 50 )B30 - 50
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 51 through 71 )B51 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 5 )C1 - 5
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 6 through 10 )C6 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 19 )C11 - 19
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 6 through 10 )D6 - 10
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 11 through 15 )D11 - 15
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 16 through 19 )D16 - 19

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る