PDB-6swp: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD2 (GSK046)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6swp

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH iBET-BD2 (GSK046)

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.604 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Selective targeting of BD1 and BD2 of the BET proteins in cancer and immunoinflammation.
著者: Gilan, O. / Rioja, I. / Knezevic, K. / Bell, M.J. / Yeung, M.M. / Harker, N.R. / Lam, E.Y.N. / Chung, C.W. / Bamborough, P. / Petretich, M. / Urh, M. / Atkinson, S.J. / Bassil, A.K. / ...

履歴

登録	2019年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6swp.cif.gz	47.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6swp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6swp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/6swp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6swnC 6swoC 6swqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zb2-d 7nq9-d 1e6i-d 5dw1-2 4mr6-d 5nr3-2 1khc-d 6z8p-d 7nqi-d 6zb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.201, 52.390, 32.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-790- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-LW5 / 4-acetamido-3-fluoranyl-~{N}-(4-oxidanylcyclohexyl)-5-[(1~{S})-1-phenylethoxy]benzamide 分子量: 414.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇FN₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→27.32 Å / Num. obs: 15434 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 43.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / Mean I/σ(I) obs: 15.7 / Num. unique obs: 1590 / CC_1/2: 0.974

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.604→27.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.398 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	746	4.859 %
R_work	0.1542	-	-
all	0.156	-	-
obs	-	15353	92.812 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.371 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.056 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.427 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.604→27.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	923	0	38	221	1182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.649	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.256	1.635	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.586	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.987	20.833	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.406	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.687	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.001	1.818	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.954	1.808	491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.705	4.056	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.711	4.07	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.26	2.086	586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.259	2.087	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.166	4.495	827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.165	4.496	828
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.716	18.925	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.714	18.92	1390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	Total num. of bins used	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.604-1.645	0.176	40	0.171	657	0.171	1175	0.957	0.958	20	59.3191	0.138
1.645-1.69	0.238	45	0.172	844	0.176	1197	0.935	0.956	20	74.269	0.145
1.69-1.739	0.184	45	0.173	979	0.173	1108	0.957	0.954	20	92.4188	0.145
1.739-1.793	0.203	58	0.169	1030	0.171	1122	0.952	0.955	20	96.9697	0.14
1.793-1.851	0.158	46	0.169	1005	0.168	1063	0.954	0.958	20	98.8711	0.148
1.851-1.916	0.203	43	0.166	975	0.168	1035	0.954	0.956	20	98.3575	0.15
1.916-1.988	0.213	37	0.158	954	0.16	1010	0.953	0.963	20	98.1188	0.144
1.988-2.069	0.148	46	0.143	915	0.143	973	0.963	0.969	20	98.7667	0.136
2.069-2.161	0.198	35	0.149	876	0.151	929	0.957	0.966	20	98.0624	0.144
2.161-2.266	0.211	45	0.139	838	0.142	900	0.94	0.968	20	98.1111	0.137
2.266-2.388	0.195	29	0.135	796	0.137	846	0.952	0.971	20	97.5177	0.136
2.388-2.533	0.225	45	0.143	749	0.147	807	0.948	0.971	20	98.3891	0.142
2.533-2.707	0.137	46	0.136	713	0.136	773	0.975	0.973	20	98.1889	0.143
2.707-2.923	0.192	34	0.147	687	0.149	729	0.96	0.968	0	98.9026	0.155
2.923-3.2	0.209	31	0.152	612	0.155	654	0.947	0.964	0	98.318	0.164
3.2-3.576	0.191	38	0.138	551	0.141	604	0.959	0.973	0	97.5166	0.152
3.576-4.124	0.176	30	0.15	493	0.152	540	0.969	0.97	0	96.8519	0.182
4.124-5.039	0.267	22	0.159	413	0.164	463	0.942	0.965	0	93.9525	0.195
5.039-7.076	0.173	23	0.209	340	0.207	374	0.942	0.949	0	97.0588	0.251
7.076-42.403	0.233	8	0.212	180	0.213	240	0.917	0.953	0	78.3333	0.262

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関連情報:EMDBヘッダ

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