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- PDB-6sw3: Crystal structure of CREBBP bromodomain L1109W mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sw3
タイトルCrystal structure of CREBBP bromodomain L1109W mutant
要素cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein
キーワードTRANSFERASE / CREBBP / Bromodomain / Mutant / L1109W
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase / chromatin DNA binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain ...Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
histone acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Faessler, C. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_180345 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CREBBP bromodomain L1109W mutant
著者: Faessler, C. / Bedi, R.K. / Wiedmer, L. / Caflisch, A.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein
B: cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5932
ポリマ－28,5932
非ポリマー00
水11,169620
1
A: cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2961
ポリマ－14,2961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2961
ポリマ－14,2961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)24.660, 45.790, 109.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.686, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ57039, highly similar to CREB-binding protein


分子量: 14296.399 Da / 分子数: 2 / 変異: L1109W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E3L4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% Ethylene Glycol (V/V), 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 8000 (W/V)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45.8 Å / Num. obs: 74912 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.317 % / Biso Wilson estimate: 8.68 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.83
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / Num. unique obs: 11777 / CC1/2: 0.666

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MME

5mme


解像度: 1.2→42.2 Å / SU ML: 0.1384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 3732 5 %
Rwork0.2009 70875 -
obs0.2019 74607 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1901 0 0 620 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79742884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0736303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.64881244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.33581280.31522434X-RAY DIFFRACTION90.95
1.22-1.230.33151370.33292608X-RAY DIFFRACTION97
1.23-1.250.34671350.31282557X-RAY DIFFRACTION97.25
1.25-1.270.33441360.29962584X-RAY DIFFRACTION97.46
1.27-1.280.25871350.28272575X-RAY DIFFRACTION97.48
1.28-1.30.34161380.30632607X-RAY DIFFRACTION97.48
1.3-1.330.27171340.29212562X-RAY DIFFRACTION98.29
1.33-1.350.31171390.26632630X-RAY DIFFRACTION98.3
1.35-1.370.25971410.25012685X-RAY DIFFRACTION99.3
1.37-1.40.27551360.24282570X-RAY DIFFRACTION98.51
1.4-1.430.24891380.23312636X-RAY DIFFRACTION98.61
1.43-1.460.24521400.22122654X-RAY DIFFRACTION99.25
1.46-1.490.20671360.2172575X-RAY DIFFRACTION98.33
1.49-1.530.2071420.19392706X-RAY DIFFRACTION99.34
1.53-1.570.19711380.1972611X-RAY DIFFRACTION99.64
1.57-1.620.24021380.19512627X-RAY DIFFRACTION99.39
1.62-1.670.24511410.18722673X-RAY DIFFRACTION99.4
1.67-1.730.21511390.19072647X-RAY DIFFRACTION99.5
1.73-1.80.20951390.18382636X-RAY DIFFRACTION99.25
1.8-1.880.21931410.19742682X-RAY DIFFRACTION99.44
1.88-1.980.21681360.21152585X-RAY DIFFRACTION97.77
1.98-2.110.19771410.17012660X-RAY DIFFRACTION99.15
2.11-2.270.20621400.18582671X-RAY DIFFRACTION98.49
2.27-2.50.22961400.18052646X-RAY DIFFRACTION98.83
2.5-2.860.19371380.18162627X-RAY DIFFRACTION98.4
2.86-3.60.17591420.15922687X-RAY DIFFRACTION99.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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