PDB-6suw: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 E31A variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6suw

タイトル

Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 E31A variant

要素

Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Encapsulated ferritin / ferroxidase / ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Marles-Wright, J. / He, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Dissecting the structural and functional roles of a putative metal entry site in encapsulated ferritins.
著者: Piergentili, C. / Ross, J. / He, D. / Gallagher, K.J. / Stanley, W.A. / Adam, L. / Mackay, C.L. / Basle, A. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2019年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6suw.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6suw.ent.gz	838.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6suw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6suw_validation.pdf.gz	24.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6suw_full_validation.pdf.gz	24.3 MB	表示
XML形式データ	6suw_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	6suw_validation.cif.gz	116.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/6suw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sv1C 5da5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l89-2 5l89-1 5l8b-4 5l8b-3 5l8g-3 5l8b-2 5da5-2 5l8b-1 5l89-3 5l8f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

M: Uncharacterized protein

N: Uncharacterized protein

O: Uncharacterized protein

P: Uncharacterized protein

Q: Uncharacterized protein

R: Uncharacterized protein

S: Uncharacterized protein

T: Uncharacterized protein

U: Uncharacterized protein

V: Uncharacterized protein

W: Uncharacterized protein

X: Uncharacterized protein

Y: Uncharacterized protein

Z: Uncharacterized protein

a: Uncharacterized protein

b: Uncharacterized protein

c: Uncharacterized protein

d: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

402 kDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry, Native Mass Spectrometry gives calculated mass consistent with decametric structure.
134 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

M: Uncharacterized protein

N: Uncharacterized protein

O: Uncharacterized protein

P: Uncharacterized protein

Q: Uncharacterized protein

R: Uncharacterized protein

S: Uncharacterized protein

T: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

U: Uncharacterized protein

V: Uncharacterized protein

W: Uncharacterized protein

X: Uncharacterized protein

Y: Uncharacterized protein

Z: Uncharacterized protein

a: Uncharacterized protein

b: Uncharacterized protein

c: Uncharacterized protein

d: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.889, 120.160, 139.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.327, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 10 - 90 / Label seq-ID: 10 - 90

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 10 through 90)	A	A
2	2	(chain 'B' and resid 10 through 90)	B	B
3	3	(chain 'C' and resid 10 through 90)	C	C
4	4	(chain 'D' and resid 10 through 90)	D	D
5	5	(chain 'E' and resid 10 through 90)	E	E
6	6	(chain 'F' and resid 10 through 90)	F	F
7	7	(chain 'G' and resid 10 through 90)	G	G
8	8	(chain 'H' and resid 10 through 90)	H	H
9	9	(chain 'I' and resid 10 through 90)	I	I
10	10	(chain 'J' and resid 10 through 90)	J	J
11	11	(chain 'K' and resid 10 through 90)	K	K
12	12	(chain 'L' and resid 10 through 90)	L	L
13	13	(chain 'M' and resid 10 through 90)	M	M
14	14	(chain 'N' and resid 10 through 90)	N	N
15	15	(chain 'O' and resid 10 through 90)	O	O
16	16	(chain 'P' and resid 10 through 90)	P	P
17	17	(chain 'Q' and resid 10 through 90)	Q	Q
18	18	(chain 'R' and resid 10 through 90)	R	R
19	19	(chain 'S' and resid 10 through 90)	S	S
20	20	(chain 'T' and resid 10 through 90)	T	T
21	21	(chain 'U' and resid 10 through 90)	U	U
22	22	(chain 'V' and resid 10 through 90)	V	V
23	23	(chain 'W' and resid 10 through 90)	W	W
24	24	(chain 'X' and resid 10 through 90)	X	X
25	25	(chain 'Y' and resid 10 through 90)	Y	Y
26	26	(chain 'Z' and resid 10 through 90)	Z	Z
27	27	(chain 'a' and resid 10 through 90)	a	AA
28	28	(chain 'b' and resid 10 through 90)	b	BA
29	29	(chain 'c' and resid 10 through 90)	c	CA
30	30	(chain 'd' and resid 10 through 90)	d	DA

#1: タンパク質	... Uncharacterized protein 分子量: 13289.639 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (strain ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1) (バクテリア) 株: ATCC 11170 / ATH 1.1.1 / DSM 467 / LMG 4362 / NCIB 8255 / S1 遺伝子: Rru_A0973 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RVS1
#2: 化合物	... ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.15 M Calcium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.737 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.737 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.657→49.4 Å / Num. obs: 170103 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.14 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.1359 / R_pim(I) all: 0.1231 / R_rim(I) all: 0.1839 / Net I/σ(I): 5.45
反射シェル	解像度: 2.657→2.752 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.6572 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 16471 / CC_1/2: 0.517 / R_pim(I) all: 0.5777 / R_rim(I) all: 0.878 / % possible all: 90.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DA5

5da5

解像度: 2.66→49.4 Å / SU ML: 0.3384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.3886

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	8346	4.91 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1954	170022	93.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→49.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21988	0	65	329	22382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	22466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7323	30579
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0398	3428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	3967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1225	13545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.69	0.3338	251	0.3148	4921	X-RAY DIFFRACTION	85.57
2.69-2.72	0.3065	260	0.2785	5321	X-RAY DIFFRACTION	91.34
2.72-2.75	0.3302	279	0.2798	5391	X-RAY DIFFRACTION	93.36
2.75-2.79	0.2947	266	0.2671	5367	X-RAY DIFFRACTION	91.8
2.79-2.82	0.3016	312	0.2576	5264	X-RAY DIFFRACTION	92.62
2.82-2.86	0.2978	236	0.2556	5395	X-RAY DIFFRACTION	91.96
2.86-2.9	0.2759	278	0.2446	5265	X-RAY DIFFRACTION	92.18
2.9-2.95	0.2871	292	0.2518	5323	X-RAY DIFFRACTION	91.88
2.95-2.99	0.2957	332	0.2387	5222	X-RAY DIFFRACTION	91.32
2.99-3.04	0.2678	277	0.2442	5253	X-RAY DIFFRACTION	92.12
3.04-3.09	0.2957	325	0.2456	5342	X-RAY DIFFRACTION	92.8
3.09-3.15	0.2934	302	0.2482	5357	X-RAY DIFFRACTION	92.77
3.15-3.21	0.3131	299	0.2567	5279	X-RAY DIFFRACTION	92.83
3.21-3.28	0.3026	272	0.2467	5332	X-RAY DIFFRACTION	91.29
3.28-3.35	0.2586	248	0.2238	5162	X-RAY DIFFRACTION	89.54
3.35-3.43	0.2417	296	0.2057	5413	X-RAY DIFFRACTION	93.73
3.43-3.51	0.2315	268	0.1925	5414	X-RAY DIFFRACTION	93.92
3.51-3.61	0.2344	278	0.1849	5615	X-RAY DIFFRACTION	95.56
3.61-3.71	0.2127	259	0.1708	5437	X-RAY DIFFRACTION	95.44
3.71-3.83	0.2036	257	0.1541	5549	X-RAY DIFFRACTION	95.21
3.83-3.97	0.2077	265	0.1545	5543	X-RAY DIFFRACTION	94.9
3.97-4.13	0.1781	260	0.1445	5416	X-RAY DIFFRACTION	94.08
4.13-4.31	0.1702	239	0.1418	5608	X-RAY DIFFRACTION	95.79
4.31-4.54	0.1798	291	0.1492	5532	X-RAY DIFFRACTION	95.96
4.54-4.83	0.189	236	0.1544	5508	X-RAY DIFFRACTION	94.37
4.83-5.2	0.2408	263	0.1691	5475	X-RAY DIFFRACTION	94.41
5.2-5.72	0.2253	307	0.1952	5522	X-RAY DIFFRACTION	96.44
5.72-6.55	0.2363	292	0.1965	5622	X-RAY DIFFRACTION	97.13
6.55-8.24	0.1745	309	0.1575	5462	X-RAY DIFFRACTION	94.95
8.24-49.4	0.2063	297	0.1791	5366	X-RAY DIFFRACTION	93.2

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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