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- PDB-6sty: Human REXO2 exonuclease in complex with RNA. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sty
タイトルHuman REXO2 exonuclease in complex with RNA.
要素
  • Oligoribonuclease, mitochondrial
  • RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / 3'-5' exonuclease in complex with its RNA substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix ...Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / focal adhesion / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oligoribonuclease / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Oligoribonuclease, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Malik, D. / Szewczyk, M. / Szczesny, R. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2014/12/W/NZ1/00463 ポーランド
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Human REXO2 controls short mitochondrial RNAs generated by mtRNA processing and decay machinery to prevent accumulation of double-stranded RNA.
著者: Szewczyk, M. / Malik, D. / Borowski, L.S. / Czarnomska, S.D. / Kotrys, A.V. / Klosowska-Kosicka, K. / Nowotny, M. / Szczesny, R.J.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2001
タイトル: Exoribonuclease superfamilies: structural analysis and phylogenetic distribution.
著者: Zuo, Y. / Deutscher, M.P.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease, mitochondrial
B: Oligoribonuclease, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')
D: Oligoribonuclease, mitochondrial
E: Oligoribonuclease, mitochondrial
F: RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3727
ポリマ－114,3316
非ポリマー401
水1629
1
A: Oligoribonuclease, mitochondrial
B: Oligoribonuclease, mitochondrial
C: RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2064
ポリマ－57,1663
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area17930 Å2
手法PISA
2
D: Oligoribonuclease, mitochondrial
E: Oligoribonuclease, mitochondrial
F: RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1663
ポリマ－57,1663
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.303, 88.303, 123.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質
Oligoribonuclease, mitochondrial / RNA exonuclease 2 homolog / Small fragment nuclease


分子量: 26873.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REXO2, SFN, SMFN, CGI-114 / プラスミド: pET28 SUMO
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y3B8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*UP*C)-3')


分子量: 3418.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate trihydrate and 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8944 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.11 Å / Num. obs: 18669 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 3.15→3.34 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique obs: 2940 / CC1/2: 0.828 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CY4

5cy4


解像度: 3.15→48.11 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 176.47 / 位相誤差: 21.3428
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 933 5.01 %
Rwork0.1629 --
obs0.1988 18629 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→48.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5907 93 1 9 6010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53128346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00321072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.66064072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.320.35391330.2632516X-RAY DIFFRACTION94.55
3.32-3.520.26421330.21852534X-RAY DIFFRACTION94.98
3.52-3.80.26971330.20042520X-RAY DIFFRACTION94.99
3.8-4.180.25771330.18852518X-RAY DIFFRACTION94.88
4.18-4.780.23511330.1792543X-RAY DIFFRACTION94.99
4.78-6.020.21841330.17822524X-RAY DIFFRACTION94.99
6.02-48.110.24661340.20372534X-RAY DIFFRACTION94.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.73501050084-1.19856272787-3.872260213513.392941745490.1032445134294.443380800590.854851840946-0.07235808130041.313560026430.2704217696270.7569595844232.019493591310.2027402386730.924979243374-1.680745300411.362037526440.2977390550970.3096512813271.021844745550.1347590297090.990269386034-5.2498405610718.2201262393-6.38769400297
24.212926815481.693754931912.970307105942.994173020321.655954059292.366394268670.1448217990.01712699902980.241740281160.529983122098-0.58645712780.2652075895510.8111081504180.09110294861980.3166475942560.633026052614-0.1119815198670.06744938795360.6215639446150.06434684116590.35664721489-0.282248938609-48.1952179295-34.8459449161
32.687017471710.779739279007-0.6323772834092.845177060950.8053630243742.910539308250.367670991356-0.1250684093470.2362173316550.17819755159-0.329007945341-0.0952918776059-0.8019681738220.329145264792-0.02559418815090.881025313337-0.1039952618350.1073494023770.57422841870.06837355519820.4132051159382.75502802875-38.5449262838-20.197333537
42.25644972-0.894944722579-0.7794661240945.87672295894-1.306074813885.376839955740.248696693444-0.125793266357-0.2341976855030.0156628773715-0.455504348639-0.4108637466040.1572195897670.6609118268890.2231415053370.4716738550340.03477548094850.01207424035370.6158626070760.07952792401820.4378166168023.58068760216-57.9997327714-22.9114164525
59.20667759922-3.99929835535-2.089404344257.007444679121.433601416644.404838889880.4490691059350.471107752723-0.1354833797420.238274453679-0.603924547660.422393291093-0.429648983589-0.4373624346970.1472374169240.537318348632-0.1180001102680.0017584275080.5239591076070.04357326974330.429218087676-17.6584305521-57.641502372-12.3467165607
69.6205797901-4.141315507396.614158573256.51108789613-3.399507078534.866149735670.1268154290720.8493954630471.1287815753-0.17327858847-0.2897977952390.250673706048-1.46593333955-1.574694541920.0595693103061.113133906710.3744231966910.2118551174631.295413084970.1855688839781.17620246636-30.9307561949-42.7958010483-21.675654328
77.92530768049-1.901448827926.588730346661.37431317256-2.547040906276.601161212720.2572128221440.4923207276870.15512746653-0.2543790259860.07482191855071.421024936120.13306803454-1.90022061233-0.1293448000950.6835812519030.101758779061-0.03223562048351.05507240348-0.05812311756611.21752490501-34.8412044188-48.4844152716-14.1686768735
83.4996850531-3.74297158921-2.845791805986.290945018390.02634820547556.323981409020.225111033579-0.351832985850.2895626184910.489467325715-0.1825008498530.187750652038-0.65420150924-0.323524872182-0.2664061098520.654031293193-0.107326110766-0.01283813727320.627033943598-0.05033238596550.466692309968-17.5252928724-55.8436435516-4.96161667984
96.364427030130.0270404093062-4.394289133332.546410832920.7558520932593.26151351451.00836202238-0.7570226072960.6291430771950.1535693961750.08623628990080.0521091700109-1.509436661110.386928617618-0.9992429761580.785944837316-0.08066619752860.1190526064410.68062292436-0.1193925758250.526845776572-12.6229385817-49.4477336044-10.0173252496
106.168693931921.2102769504-2.693360149345.970336968690.3410854449019.189337554330.05434536776390.9657278355-0.762928607885-1.261219518260.1627679131770.5525990446530.855652699365-0.982875287044-0.1280625080280.849121830312-0.0650446075372-0.09482625376380.67646996532-0.1117477320190.468081272707-10.1493380959-64.1471511787-27.0567810096
112.869969630660.763047541877-3.850390323546.684539052473.203301026517.93743023955-1.29100577514-2.802491924021.024808897134.890953890040.5018955806064.603804431350.104902180889-2.905421564090.6972675652671.704525185220.6318640734090.2427888425092.69630110087-0.4781573174891.8060487279-19.3439208112-50.5904828161-24.413430593
122.59470512240.1509450103651.681862653260.755495034668-1.065442832798.615595020260.0627114536792-0.361016302081-0.109939063588-0.24086944616-0.281954555651-0.305015895530.476173432877-0.6928055579110.1753531463610.4504352599660.01162088384080.08389937894270.444576503756-0.03435806690080.3968237681117.10708707627-0.308363046192-7.59100279693
138.657747497052.52451757661-1.880173835799.701766627930.066743105478.876355216220.05835751365540.335954457185-0.7495358712991.125842960520.179328983125-0.7461606919790.2175213183920.895036515953-0.1808105266610.5689881671510.0501535389721-0.1836383813350.602064439864-0.08483590600010.67620465680218.757115338-2.0495550819512.0880218807
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 0 through 2 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 28 through 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 51 through 154 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 155 through 227 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 34 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 83 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 104 through 116 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 117 through 143 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 144 through 165 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 166 through 218 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 1 through 2 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 28 through 82 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 83 through 116 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 117 through 143 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 144 through 165 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 166 through 214 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 215 through 228 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 30 through 82 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 83 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 105 through 143 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 144 through 219 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る