[日本語] English
万見
- PDB-6stu: Adenovirus 30 Fiber Knob protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stu
タイトルAdenovirus 30 Fiber Knob protein
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Type 29 / Sialic Acid / 3D Structure / Fiber Knob
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Fiber
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 30 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Baker, A.T. / Mundy, R.M. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
引用
ジャーナル: npj Viruses / 年: 2023
タイトル: Broad sialic acid usage amongst species D human adenovirus
著者: Mundy, R.M. / Baker, A.T. / Bates, E.A. / Cunliffe, T.G. / Teijeira-Crespo, A. / Moses, E. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: The fiber knob protein of human adenovirus type 49 mediates highly efficient and promiscuous infection of cancer cell lines using a novel cell entry mechanism
著者: Baker, A.T. / Marlow, G. / Davies, J.A. / Moses, E. / Mundy, R.M. / Cole, D.K. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,0989
ポリマ－136,8266
非ポリマー2713
水3,477193
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6225
ポリマ－68,4133
非ポリマー2092
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7420 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4754
ポリマ－68,4133
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.350, 87.360, 217.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Fiber


分子量: 22804.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 30 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M0QTV3
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M SPG, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 500K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→54.76 Å / Num. obs: 48896 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 365841 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.39-2.457.81.4842811035890.6230.5611.5881.4100
10.69-54.766.30.03340646420.9970.0140.03639.799.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.39→54.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 27.729 / SU ML: 0.293 / SU R Cruickshank DPI: 0.5812 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.297
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 2348 4.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.2194 46478 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 199.63 Å2 / Biso mean: 58.703 Å2 / Biso min: 27.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0 Å20 Å2
2---5.34 Å2-0 Å2
3---5.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→54.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9426 0 18 193 9637
Biso mean--106.01 47.75 -
残基数----1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.64913108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2261.58320457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.68951214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.93826.897406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.363151640
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021742
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 162 -
Rwork0.36 3416 -
all-3578 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.30720.0048-0.2342.1860.55851.89960.0822-0.2214-0.2661-0.0184-0.09950.26090.1375-0.14820.01730.0218-0.0396-0.00580.1064-0.01550.056221.6575-13.474938.417
23.0388-0.76920.59354.1562-1.01332.53840.01930.09180.3257-0.0904-0.0835-0.0186-0.21390.09940.06420.0543-0.06290.01670.127-0.02750.047237.69178.122437.0188
33.86630.69651.32522.48330.78993.60740.0298-0.36320.45040.0446-0.23070.6076-0.0602-0.32260.20090.02230.01730.02760.2047-0.14910.238212.314910.955644.8473
43.21970.2978-0.5034.2298-0.87585.02380.0805-0.4066-0.33110.7177-0.3122-0.96160.14460.30610.23170.2123-0.0134-0.17720.18660.12750.251527.1786-3.698595.7519
52.6789-0.0886-0.6566.14540.16731.37310.1131-0.2935-0.17120.8391-0.00630.6392-0.0581-0.1901-0.10680.2629-0.04440.12580.26180.08660.12230.8624-8.898498.1589
63.18340.8938-0.19944.6846-0.96491.5235-0.0006-0.03580.12820.08880.08930.3933-0.0847-0.1385-0.08870.04680.03290.01460.1190.01680.03559.274711.650383.194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A394 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B396 - 598
3X-RAY DIFFRACTION3C391 - 596
4X-RAY DIFFRACTION4D396 - 596
5X-RAY DIFFRACTION5E396 - 596
6X-RAY DIFFRACTION6F394 - 601

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る