PDB-6srz: Kemp Eliminase HG3.17 mutant Q50H, E47N, N300D Complexed with Tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6srz

タイトル

Kemp Eliminase HG3.17 mutant Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

要素

Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Kemp Eliminase / Enzyme / Protein Design

機能・相同性

Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 6-NITROBENZOTRIAZOLE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Bloch, J.S. / Pinkas, D.M. / Hilvert, D.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Contribution of Oxyanion Stabilization to Kemp Eliminase Efficiencyproficiency
著者: Kries, H. / Bloch, J.S. / Bunzel, H.A. / Pinkas, D.M. / Hilvert, D.

履歴

登録	2019年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6srz.cif.gz	246.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6srz.ent.gz	200.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6srz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6srz_validation.pdf.gz	1005.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6srz_full_validation.pdf.gz	1004.8 KB	表示
XML形式データ	6srz_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6srz_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6srz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/6srz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6srwC 6sryC 6ss1C 6ss3C 6tu6C 4bs0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ix1-2 3evf-d 6ss1-2 7k4z-d 7k4p-2 6srw-1 6kiy-d 4fn9-3 5rge-d 6ky6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

B: Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

ヘテロ分子

69.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.000, 78.020, 98.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kemp Eliminase HG3.17 Q50H, E47N, N300D Complexed with Transition State Analog 6-Nitrobenzotriazole 分子量: 34471.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.66 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.1 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH 5.9, SEEDING

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→41.51 Å / Num. obs: 115115 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.59
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 11380 / CC_1/2: 0.475

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BS0

4bs0

解像度: 1.4→41.51 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	-	-
R_work	0.1573	-	-
obs	-	115112	99.99 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4504	0	36	600	5140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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