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万見
- PDB-6srk: X-ray pump X-ray probe on thaumatin nanocrystals: 35 fs time delay -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6srk
タイトルX-ray pump X-ray probe on thaumatin nanocrystals: 35 fs time delay
要素Thaumatin-1
キーワードPLANT PROTEIN / Radiation damage / SERIAL femtosecond CRYSTALLOGRAPHY / X-ray FREE-ELECTRON LASER / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kloos, M. / Gorel, A. / Nass, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural dynamics in proteins induced by and probed with X-ray free-electron laser pulses.
著者: Nass, K. / Gorel, A. / Abdullah, M.M. / V Martin, A. / Kloos, M. / Marinelli, A. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Decker, F.J. / Bruce Doak, R. / Foucar, L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / ...著者: Nass, K. / Gorel, A. / Abdullah, M.M. / V Martin, A. / Kloos, M. / Marinelli, A. / Aquila, A. / Barends, T.R.M. / Decker, F.J. / Bruce Doak, R. / Foucar, L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Hunter, M.S. / Jurek, Z. / Koglin, J.E. / Kozlov, A. / Lutman, A.A. / Kovacs, G.N. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Santra, R. / Quiney, H.M. / Ziaja, B. / Boutet, S. / Schlichting, I.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thaumatin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3772
ポリマ－22,2271
非ポリマー1501
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.849, 57.849, 150.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Thaumatin-1 / Thaumatin I


分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 % / 解説: nanocrystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: 0.8 M NA, K TARTRATE, 0.1 M NA HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.75 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→23 Å / Num. obs: 11104 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.981 / R split: 0.088 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique obs: 850 / CC1/2: 0.965 / R split: 0.145
Serial crystallography measurementFocal spot size: 0.025 µm2 / Pulse duration: 15 fsec. / Pulse energy: 500 µJ / Pulse photon energy: 7.07 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: GDVN injection / 手法: injection
Serial crystallography data reductionFrames indexed: 11000 / Lattices indexed: 11000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFELデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fgt

5fgt


解像度: 2.3→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.883 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by refining against 100 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The submitted coordinates represent the mean of 100 coordinate sets obtained by refining against 100 different integrated diffraction intensity datasets obtained by jackknife resampling of the diffraction snapshots. The coordinate header originates from one of the individual refinements. Cysteine residues were modeled as alanines and non-covalently attached sulphur atoms.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1705 895 7.5 %RANDOM
Rwork0.1402 ---
obs0.1425 11104 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.7 Å2 / Biso mean: 23.625 Å2 / Biso min: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 0 10 97 1657
Biso mean--20.85 28.03 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.6592173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5021.5843316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6585210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76121.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35415227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5571512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02366
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 60 -
Rwork0.165 790 -
all-850 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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