PDB-6squ: Crystal structure of human SHIP2 catalytic domain in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6squ

タイトル

Crystal structure of human SHIP2 catalytic domain in complex with 1,2,4 Dimer

要素

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ruffle assembly / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol dephosphorylation / endochondral ossification / phosphatidylinositol biosynthetic process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Whitfield, H. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Allosteric Site on SHIP2 Identified Through Fluorescent Ligand Screening and Crystallography: A Potential New Target for Intervention.
著者: Whitfield, H. / Hemmings, A.M. / Mills, S.J. / Baker, K. / White, G. / Rushworth, S. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Brearley, C.A.

履歴

登録	2019年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6squ.cif.gz	255.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6squ.ent.gz	205.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6squ.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6squ ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/6squ	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6srrC 4a9cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6srr-2 3lho-d 3iv6-3 1p15-2 3uj6-d 4a9c-1 5qaa-2 3zr7-2 4r4s-d 5thx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2

B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.410, 60.190, 113.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2 / Inositol polyphosphate phosphatase-like protein 1 / INPPL-1 / Protein 51C / SH2 domain-containing ...Inositol polyphosphate phosphatase-like protein 1 / INPPL-1 / Protein 51C / SH2 domain-containing inositol 5'-phosphatase 2 / SHIP-2 分子量: 36243.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INPPL1, SHIP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS 参照: UniProt: O15357, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-D7I / 5,5'-(ethane-1,2-diylbis(oxy))bis(benzene-5,4,2,1,-tetrayl)hexakisphosphate 分子量: 790.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀O₂₆P₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17 M Ammonium sulfate, 25.5 % PEG 4000, 15 % glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→41.354 Å / Num. obs: 27911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.57 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.27→2.33 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.061 / Num. unique obs: 2067 / CC_1/2: 0.538 / R_pim(I) all: 0.661 / R_rim(I) all: 1.253 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4A9C

4a9c

解像度: 2.27→41.35 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 28.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	1344	4.82 %
R_work	0.2008	-	-
obs	0.2033	27891	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.56 Å² / B_iso mean: 66.2948 Å² / B_iso min: 29.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→41.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4688	0	54	47	4789
B_iso mean	-	-	100.94	50.85	-
残基数	-	-	-	-	580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4855
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.517	6596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.78	2852

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.27-2.3511	0.3504	134	0.2973	2636	100
2.3511-2.4453	0.3826	105	0.2762	2653	100
2.4453-2.5565	0.3074	132	0.2683	2642	100
2.5565-2.6913	0.3077	156	0.2527	2624	100
2.6913-2.8599	0.3239	131	0.2387	2644	100
2.8599-3.0806	0.3324	140	0.2219	2640	100
3.0806-3.3905	0.2845	158	0.2062	2648	99
3.3905-3.8808	0.2257	136	0.1832	2634	100
3.8808-4.8882	0.2149	132	0.1619	2686	99
4.8882-41.35	0.2035	120	0.1906	2740	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8116	-0.9816	0.2045	6.7707	-4.0884	6.5207	0.1046	0.7118	0.5765	-0.3828	0.2892	0.218	-0.8264	-0.5201	-0.3271	0.6403	-0.0635	0.0129	0.608	0.2222	0.5149	1.7684	40.2346	-50.1953
2	3.0968	-0.9306	1.6423	4.8228	-1.5387	2.2994	0.0239	0.2375	0.4402	0.1746	0.7801	0.9706	-1.2509	-1.8083	-0.9397	0.6217	0.0687	0.1239	0.9908	0.4064	0.7787	-9.5674	37.4527	-37.5596
3	8.373	-0.3093	-0.4683	2.9799	-0.5946	3.9627	-0.0222	-0.0375	-0.2279	0.0943	0.4173	0.5623	-0.19	-0.6009	-0.3704	0.3563	-0.0191	-0.0028	0.4734	0.2171	0.4504	-0.6065	23.7115	-31.1968
4	2.6565	2.1627	3.6517	7.13	0.4248	8.3803	-0.5425	0.3701	0.0861	0.0769	0.3803	-0.2061	-0.3894	-0.0022	0.0995	0.3253	-0.0893	0.0174	0.5462	0.1425	0.5305	4.2628	29.7236	-35.4056
5	6.8548	-1.0819	0.1062	7.221	-2.872	0.8427	-0.2487	1.5845	0.0669	-0.7129	0.4035	0.171	-0.0344	0.3313	-0.2294	0.4965	-0.1729	-0.0312	0.7228	0.1818	0.4175	4.6932	29.983	-45.1235
6	3.9909	-1.8944	0.3388	4.291	0.4931	4.4365	-0.0745	0.2956	-0.6807	-0.4026	0.126	0.6956	0.5777	-0.3544	-0.0939	0.4824	-0.1831	-0.0138	0.404	0.0475	0.4798	-18.9908	-5.8424	-14.2496
7	4.007	0.9258	0.7834	6.6026	0.0813	3.7551	0.073	-0.4289	-0.6665	0.6685	0.1171	0.2879	0.6148	-0.4556	-0.1782	0.4627	-0.0751	0.0163	0.3983	0.1284	0.3738	-13.1233	-6.7471	-2.8603
8	9.4235	-6.6892	-0.6476	7.7673	2.6879	2.5662	-0.1219	-0.2843	-0.3239	-0.0653	0.1879	0.6676	-0.0182	-0.0894	0.0551	0.2605	-0.0536	-0.022	0.37	0.0915	0.2551	-9.1535	6.3803	-9.0968
9	2.2626	-7.9722	9.5737	2.3569	-8.5137	2.368	-0.4681	-0.491	0.9853	0.1671	0.2755	-0.8025	-0.3079	-0.4568	0.2751	0.4756	-0.0837	-0.1027	0.5398	0.1461	0.6367	-5.085	15.514	-7.1909
10	2.3317	-1.7043	-1.6046	7.8607	2.4292	4.6355	0.0691	0.1746	0.0254	0.6075	0.132	-0.8848	0.2235	0.885	-0.2854	0.4065	-0.037	0.0397	0.3895	0.0383	0.5158	0.6369	1.9162	-5.6767
11	7.3421	-0.0999	1.9579	4.8614	-1.561	4.1955	-0.0325	0.6343	0.5521	-0.3119	-0.0438	0.1296	0.232	-0.1464	0.0581	0.3222	-0.0282	-0.0009	0.4477	0.1377	0.3262	-16.7524	12.8749	-22.6429
12	0.4116	0.3138	0.6076	0.979	-0.1365	1.0316	0.1082	-0.0084	0.2781	0.1341	0.0131	-0.0475	-0.0614	-0.0233	-0.0533	0.3896	-0.1142	0.0275	0.4681	0.0914	0.3337	-16.4282	11.1353	-15.5916
13	4.272	-0.929	-2.9602	5.8937	0.0947	5.0658	-0.2883	0.5256	-0.2438	-0.105	0.2796	-0.0531	0.7941	-0.3509	-0.0182	0.4103	-0.0847	-0.0958	0.3493	0.0257	0.3312	-15.532	-2.652	-17.8901

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 423 through 550 )	A	423 - 550
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 551 through 607 )	A	551 - 607
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 608 through 662 )	A	608 - 662
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 663 through 702 )	A	663 - 702
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 703 through 728 )	A	703 - 728
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 421 through 477 )	B	421 - 477
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 478 through 550 )	B	478 - 550
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 551 through 568 )	B	551 - 568
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 569 through 582 )	B	569 - 582
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 583 through 607 )	B	583 - 607
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 608 through 672 )	B	608 - 672
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 673 through 701 )	B	673 - 701
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 702 through 731 )	B	702 - 731

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)