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- PDB-6squ: Crystal structure of human SHIP2 catalytic domain in complex with... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6squ | ||||||
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Title | Crystal structure of human SHIP2 catalytic domain in complex with 1,2,4 Dimer | ||||||
![]() | Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ruffle assembly / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol dephosphorylation / endochondral ossification / phosphatidylinositol biosynthetic process / immune system process ...negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase / inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / ruffle assembly / regulation of actin filament organization / phosphatidylinositol dephosphorylation / endochondral ossification / phosphatidylinositol biosynthetic process / immune system process / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / establishment of mitotic spindle orientation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of immune response / Interleukin receptor SHC signaling / ERK1 and ERK2 cascade / SH2 domain binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / basal plasma membrane / post-embryonic development / filopodium / actin filament organization / response to insulin / spindle pole / SH3 domain binding / endocytosis / glucose metabolic process / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of protein localization / lamellipodium / actin binding / gene expression / cell adhesion / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / Golgi apparatus / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whitfield, H. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Allosteric Site on SHIP2 Identified Through Fluorescent Ligand Screening and Crystallography: A Potential New Target for Intervention. Authors: Whitfield, H. / Hemmings, A.M. / Mills, S.J. / Baker, K. / White, G. / Rushworth, S. / Riley, A.M. / Potter, B.V.L. / Brearley, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 828.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6srrC ![]() 4a9cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36243.852 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O15357, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 5-phosphatase #2: Chemical | ChemComp-D7I / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.17 M Ammonium sulfate, 25.5 % PEG 4000, 15 % glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→41.354 Å / Num. obs: 27911 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 49.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.33 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.061 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.538 / Rpim(I) all: 0.661 / Rrim(I) all: 1.253 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4A9C Resolution: 2.27→41.35 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.94 / Phase error: 28.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 142.56 Å2 / Biso mean: 66.2948 Å2 / Biso min: 29.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.27→41.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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