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- PDB-6sqr: Crystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sqr
タイトルCrystal structure of Cat MDM2-S429E RING domain bound to UbcH5B-Ub
要素
  • (E3 ubiquitin-protein ligase ...) x 3
  • Polyubiquitin-C
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードLIGASE / MDM2 / MDMX / p53 / E3 / E2 / ubiquitin / ubiquitin ligase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biological quality / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / ubiquitin conjugating enzyme activity ...regulation of biological quality / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / ubiquitin conjugating enzyme activity / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein autoubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / ubiquitin binding / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc-binding ribosomal protein / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Magnussen, H.M. / Ahmed, S.F. / Huang, D.T.
資金援助 英国, ベルギー, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKA23278 英国
European Research Council647849 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for DNA damage-induced phosphoregulation of MDM2 RING domain.
著者: Magnussen, H.M. / Ahmed, S.F. / Sibbet, G.J. / Hristova, V.A. / Nomura, K. / Hock, A.K. / Archibald, L.J. / Jamieson, A.G. / Fushman, D. / Vousden, K.H. / Weissman, A.M. / Huang, D.T.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
C: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
D: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
E: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
F: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
G: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
H: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
I: Polyubiquitin-C
J: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
K: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
L: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,40535
ポリマ－130,95112
非ポリマー1,45423
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, Activity assays validated the assembly.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area49150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.510, 163.880, 70.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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E3 ubiquitin-protein ligase ... , 3種, 4分子 ADJG

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7849.443 Da / 分子数: 1 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase
#4: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7249.811 Da / 分子数: 2 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase
#5: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 7152.696 Da / 分子数: 1 / 変異: S429E, G443T / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 422-491 and contains S429E and G443T. GS at the N-terminus resulted from cloning.
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7YRZ8, RING-type E3 ubiquitin transferase

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タンパク質 , 3種, 8分子 BEHKCFLI

#2: タンパク質
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / p53-regulated ubiquitin-conjugating enzyme 1


分子量: 16720.186 Da / 分子数: 4 / 変異: S22R, C85K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Contains S22R and C85K mutations. K85 in Chains B, H, K form a covalent bond with G76 in Chains C, I and L, respectively.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, PUBC1, UBC4, UBC5B, UBCH4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62837, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#3: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 8663.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Contains a GSGGS at the N-terminus resulted from cloning. G76 in Chains C, F, L form a covalent bond with K85 sidechain in Chains B, E, K, respectively.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QTR3, UniProt: P62979*PLUS
#6: タンパク質 Polyubiquitin-C


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Contains a GSGGS at the N-terminus resulted from cloning. G76 in Chain I form a covalent bond with K85 sidechain in Chain H.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG48

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非ポリマー , 4種, 443分子

#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) PEG Smear High

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→70 Å / Num. obs: 65509 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.18→2.22 Å / Num. unique obs: 3248 / CC1/2: 0.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MNJ

5mnj


解像度: 2.18→70 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 --
Rwork0.166 --
obs-65509 98.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9061 0 68 420 9549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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