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- PDB-6snz: Crystal structure of lamin A coil1b tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snz
タイトルCrystal structure of lamin A coil1b tetramer
要素Prelamin-A/C
キーワードNUCLEAR PROTEIN / intermediate filament / coiled coil / nuclear lamin
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization ...structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / XBP1(S) activates chaperone genes / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein localization to nucleus / nuclear migration / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of telomere maintenance / muscle organ development / intermediate filament / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / protein localization to nucleus / regulation of cell migration / Meiotic synapsis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein stability / heterochromatin formation / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / protein import into nucleus / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein localization / nuclear envelope / site of double-strand break / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lilina, A.V. / Chernyatina, A.A. / Guzenko, D. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, フランス, 2件
組織認可番号国
KU LeuvenCELSA18/044 ベルギー
Synchrotron Light Research Institute20170756 フランス
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Lateral A11type tetramerization in lamins.
著者: Lilina, A.V. / Chernyatina, A.A. / Guzenko, D. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prelamin-A/C
B: Prelamin-A/C
C: Prelamin-A/C
D: Prelamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0876
ポリマ－72,9024
非ポリマー1842
水2,036113
1
A: Prelamin-A/C
B: Prelamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5433
ポリマ－36,4512
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
2
C: Prelamin-A/C
D: Prelamin-A/C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5433
ポリマ－36,4512
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.070, 37.470, 101.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Prelamin-A/C


分子量: 18225.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMNA, LMN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02545
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8K 10%, Imodazole 0.1M, Calcium acetate 0.2M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.07169 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07169 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35.15 Å / Num. obs: 20594 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 50.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1318 / Rpim(I) all: 0.05835 / Rrim(I) all: 0.1446 / Net I/σ(I): 8.62
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 1.645 / Num. unique obs: 1810 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.9139 / % possible all: 86.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CCFold generated model

解像度: 2.6→35.15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1221 6 %random
Rwork0.254 ---
obs-20594 96.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4814 0 12 113 4939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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