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- PDB-6snu: Crystal structure of the W60C mutant of the (S)-selective transam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snu
タイトルCrystal structure of the W60C mutant of the (S)-selective transaminase from Chromobacterium violaceum
要素Aspartate aminotransferase family protein
キーワードTRANSFERASE / Transaminase / PLP / Trp60Cys / W60C / Chromobacterium violaceum / Complex / Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Putative 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ruggieri, F. / Gustafsson, C. / Kimbung, R.Y. / Walse, B. / Logan, D.T. / Berglund, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
European Union634200 スウェーデン
引用ジャーナル: Not Published
タイトル: Crystal Structures Combined with Molecular Dynamics Reveal Altered Flow of Water in the Active Site of W60C Chromobacterium violaceum omega-transaminase
著者: Ruggieri, F. / Gustafsson, C. / Kimbung, R.Y. / Walse, B. / Logan, D.T. / Berglund, P.
履歴
登録2019年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase family protein
B: Aspartate aminotransferase family protein
C: Aspartate aminotransferase family protein
D: Aspartate aminotransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,52912
ポリマ－208,2924
非ポリマー1,2378
水4,125229
1
A: Aspartate aminotransferase family protein
B: Aspartate aminotransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,8898
ポリマ－104,1462
非ポリマー7436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
2
C: Aspartate aminotransferase family protein
D: Aspartate aminotransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6414
ポリマ－104,1462
非ポリマー4942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area28060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.221, 62.196, 118.423
Angle α, β, γ (deg.)75.030, 81.310, 75.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA5 - 45511 - 461
21ALAALABB5 - 45511 - 461
12ALAALAAA5 - 45511 - 461
22ALAALACC5 - 45511 - 461
13ALAALAAA5 - 45511 - 461
23ALAALADD5 - 45511 - 461
14ARGARGBB5 - 45611 - 462
24ARGARGCC5 - 45611 - 462
15ARGARGBB5 - 45611 - 462
25ARGARGDD5 - 45611 - 462
16GLYGLYCC5 - 45711 - 463
26GLYGLYDD5 - 45711 - 463

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Aspartate aminotransferase family protein / L-Lysine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase


分子量: 52073.113 Da / 分子数: 4 / 変異: W60C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: bioK, CBW21_20070, NCTC8684_01926 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1R0MXM9, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 22.5 % w/v PEG 4000, 350 mM NaCl, 0.1 mM PLP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.00964 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: bent Si (111) crystal, horizontally focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.51 Å / Num. obs: 145405 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 568888 / Scaling rejects: 34
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.833.91.1872759070700.2380.6941.3762.495
9.86-50.513.80.05734039010.9930.0340.06738.498.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_TRA
最高解像度最低解像度
Rotation7.53 Å48.23 Å
Translation7.53 Å48.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A6T

4a6t


解像度: 2→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.1946 / WRfactor Rwork: 0.1646 / FOM work R set: 0.8456 / SU B: 9.678 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.2197 / SU Rfree: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 5299 5 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.183 100404 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.62 Å2 / Biso mean: 20.599 Å2 / Biso min: 6.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0.01 Å2-0.03 Å2
2---0.02 Å20.01 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14297 0 16 229 14542
Biso mean--39.67 18.14 -
残基数----1814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01314703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.64319904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.57630972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.24451812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.37221.019824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.531152342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.01615122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023418
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A149970.07
12B149970.07
21A149930.07
22C149930.07
31A149500.07
32D149500.07
41B150050.08
42C150050.08
51B150580.06
52D150580.06
61C150500.07
62D150500.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 361 -
Rwork0.282 7119 -
all-7480 -
obs--92.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96030.5024-0.35741.16230.03990.92830.0977-0.06610.2270.0527-0.01920.0881-0.15290.0366-0.07860.0794-0.01720.00280.0985-0.02930.0865-24.860617.532852.7071
21.11460.2053-0.11820.49120.29751.09950.0156-0.10060.01180.03130.0126-0.06690.06560.1487-0.02820.049-0.0091-0.01570.06920.01270.0513-9.71977.236626.5331
30.53730.0917-0.0561.06080.28230.5645-0.0151-0.01410.03590.0450.02190.03530.0013-0.0313-0.00680.029-0.0031-0.01070.00550.00310.0084-25.477935.9469-4.9997
40.75350.10670.11660.78950.22510.72890.01160.0722-0.1193-0.10550.0494-0.18520.09280.1176-0.0610.0767-0.00430.01390.0398-0.01240.0585-10.661221.6934-29.3558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 459
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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