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- PDB-6sm5: MbC/SHP1-C-SH2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sm5
タイトルMbC/SHP1-C-SH2 complex
要素
  • MbC (monobody targeting SHP1-C-SH2)
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / inhibitor / phosphatase / monobody
機能・相同性
機能・相同性情報


epididymis development / negative regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell differentiation / CD27 signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of inflammatory response to wounding / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...epididymis development / negative regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell differentiation / CD27 signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of inflammatory response to wounding / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Co-inhibition by BTLA / negative regulation of neutrophil activation / CD22 mediated BCR regulation / Interleukin-37 signaling / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / alpha-beta T cell receptor complex / Signal regulatory protein family interactions / platelet formation / protein dephosphorylation / Regulation of KIT signaling / Signaling by ALK / megakaryocyte development / natural killer cell mediated cytotoxicity / Platelet sensitization by LDL / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / PECAM1 interactions / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of interleukin-6 production / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of tumor necrosis factor production / Interleukin receptor SHC signaling / T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / hematopoietic progenitor cell differentiation / GPVI-mediated activation cascade / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / phosphotyrosine residue binding / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cell adhesion molecule binding / SH2 domain binding / negative regulation of innate immune response / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / negative regulation of angiogenesis / T cell activation / B cell receptor signaling pathway / SH3 domain binding / platelet aggregation / specific granule lumen / Interferon gamma signaling / cytokine-mediated signaling pathway / cell-cell junction / Interferon alpha/beta signaling / tertiary granule lumen / MAPK cascade / mitotic cell cycle / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / nucleolus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...: / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Mann, G. / Hantschel, O.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MbC/SHP1-C-SH2 complex
著者: Hantschel, O.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6
B: MbC (monobody targeting SHP1-C-SH2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2652
ポリマ－23,2652
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.898, 63.820, 73.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 6 / Hematopoietic cell protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase 1C / PTP-1C / ...Hematopoietic cell protein-tyrosine phosphatase / Protein-tyrosine phosphatase 1C / PTP-1C / Protein-tyrosine phosphatase SHP-1 / SH-PTP1


分子量: 13252.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN6, HCP, PTP1C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P29350, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 抗体 MbC (monobody targeting SHP1-C-SH2)


分子量: 10012.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium citrate tribasic, 0.1 M bistros propane 8.4 and 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.1 Å / Num. obs: 10640 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.11 % / Biso Wilson estimate: 39.5181160384 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.09
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 1726 / CC1/2: 0.688 / Rrim(I) all: 0.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jeg

4jeg


解像度: 2.75→48.1 Å / SU ML: 0.46847011608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34188609808 / 位相誤差: 27.7366742674
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276452644706 1064 10.0282752121 %
Rwork0.219127249237 --
obs0.224949000386 10610 92.3090307987 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.9141762171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 0 21 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003160712249761579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618022296242154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444694247405238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055401821697272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.18146150515913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.87540.4247490945241330.3128159367571218X-RAY DIFFRACTION93.4301521438
2.8754-3.02690.3419034043531390.2666071185311224X-RAY DIFFRACTION94.2600276625
3.0269-3.21650.3438096635421310.2485015744391206X-RAY DIFFRACTION93.3659217877
3.2165-3.46480.3045008098091320.2378814371461182X-RAY DIFFRACTION91.504178273
3.4648-3.81340.2626842867141250.2054746713211132X-RAY DIFFRACTION87.9020979021
3.8134-4.36490.243831958411350.1814512726331218X-RAY DIFFRACTION94.5492662474
4.3649-5.4980.1955843768231350.1798808351051205X-RAY DIFFRACTION92.9264909847
5.498-48.10.297126604831340.2341385865061161X-RAY DIFFRACTION90.4961565339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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