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- PDB-6slr: Structure of saposin B in complex with atovaquone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6slr
タイトルStructure of saposin B in complex with atovaquone
要素Prosaposin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / glycoprotein / lysosome / protein-ligand complex / atovaquone
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development ...positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / Glycosphingolipid catabolism / lysosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of lipid metabolic process / enzyme activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal lumen / Peptide ligand-binding receptors / regulation of autophagy / phospholipid binding / late endosome / Platelet degranulation / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Saposin, chordata / Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 ...Saposin, chordata / Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AOQ / Prosaposin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Zubieta, C. / Milliken, B. / Doyle, R.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of saposin B in complex with atovaquone
著者: Zubieta, C. / Milliken, B. / Doyle, R.
履歴
登録2019年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prosaposin
B: Prosaposin
C: Prosaposin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9158
ポリマ－26,9053
非ポリマー1,0105
水1,04558
1
A: Prosaposin
C: Prosaposin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3964
ポリマ－17,9372
非ポリマー4592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Prosaposin
ヘテロ分子

B: Prosaposin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0398
ポリマ－17,9372
非ポリマー1,1026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)75.707, 75.707, 95.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

AOQ

21B-203-

AOQ

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERCYSCYSAA0 - 773 - 80
21SERSERCYSCYSBB0 - 773 - 80
12SERSERCYSCYSAA0 - 773 - 80
22SERSERCYSCYSCC0 - 773 - 80
13GLYGLYASPASPBB-2 - 781 - 81
23GLYGLYASPASPCC-2 - 781 - 81

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Prosaposin / Proactivator polypeptide


分子量: 8968.339 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSAP, GLBA, SAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07602
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AOQ / 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Atovaquone / アトバコン


分子量: 366.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 30% PEG6000 / PH範囲: 5-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→38.62 Å / Num. obs: 14331 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.927-2.182.40.4167180.8250.3120.52371.1
6.455-38.65.60.0287170.9990.0130.03198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V2O

4v2o


解像度: 2.38→38.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 20.247 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 715 5.5 %RANDOM
Rwork0.2326 ---
obs0.2349 12391 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.3 Å2 / Biso mean: 76.973 Å2 / Biso min: 40.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→38.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 96 58 1989
Biso mean--88.8 71.31 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.72669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.271.6194143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9645240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32225.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33915349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.571156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A22290.1
12B22290.1
21A22170.1
22C22170.1
31B23020.11
32C23020.11
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 50 -
Rwork0.322 898 -
obs--97.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67110.2762-0.05412.8979-0.92424.60.01170.491-0.4316-0.0980.07960.13610.4768-0.3809-0.09130.1432-0.0774-0.00080.1697-0.07290.084342.456-19.12816.972
25.268-0.0379-2.19953.16541.62746.1498-0.0065-0.5543-0.29640.37980.1368-0.56240.49271.339-0.13030.1180.033-0.08360.39740.03640.124334.59760.89920.023
33.5512-0.00240.3652.8574-1.34915.7790.0616-0.4422-0.39370.13070.26050.39860.4873-0.921-0.32210.2626-0.01770.07590.22940.11680.129733.442-17.41525.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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