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- PDB-6sl4: The unique CBM-Cthe_0271 of Ruminiclostridium thermocellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sl4
タイトルThe unique CBM-Cthe_0271 of Ruminiclostridium thermocellum
要素Type 3a cellulose-binding domain protein
キーワードCELL ADHESION / CBM3 / highly-expressed / xylan-binding / lack of salt bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase-like / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3a cellulose-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Milana, M.V. / Almog, R. / Yaniv, O. / Oded, L. / Inna, R.G. / Felix, F. / Edward, A.B. / Raphael, L.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation24/11 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The unique CBM-Cthe_0271 of Ruminiclostridium thermocellum
著者: Milana, M.V. / Almog, R. / Yaniv, O. / Oded, L. / Inna, R.G. / Felix, F. / Edward, A.B. / Raphael, L.
履歴
登録2019年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 3a cellulose-binding domain protein
B: Type 3a cellulose-binding domain protein
C: Type 3a cellulose-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2848
ポリマ－52,0843
非ポリマー2005
水3,387188
1
A: Type 3a cellulose-binding domain protein
B: Type 3a cellulose-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8435
ポリマ－34,7232
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
2
C: Type 3a cellulose-binding domain protein
ヘテロ分子

C: Type 3a cellulose-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8836
ポリマ－34,7232
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.990, 77.990, 288.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-145-

ARG

21C-202-

CA

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要素

#1: タンパク質 Type 3a cellulose-binding domain protein


分子量: 17361.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: Cthe_0271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC31
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes buffer ph7.5, 4.3M sodium cloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.541 Å / Num. obs: 46318 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2494 / CC1/2: 0.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→67.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.578 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.134
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 2471 5.1 %RANDOM
Rwork0.2082 ---
obs0.2105 46318 99.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.23 Å2 / Biso mean: 34.946 Å2 / Biso min: 19.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→67.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 5 188 3869
Biso mean--30.04 35.18 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.023803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.935155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83337974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2925456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65224.667195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93415644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4321513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 182 -
Rwork0.378 3307 -
all-3489 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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