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- PDB-6sjy: Diaminobutyrate acetyltransferase EctA from Paenibacillus lautus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjy
タイトルDiaminobutyrate acetyltransferase EctA from Paenibacillus lautus in complex with its product ADABA
要素L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / L-2 / 4-diaminobutyrate acetyltransferase / acetyl coenzyme A (アセチルCoA) / acetylation (アセチル化) / stress response (闘争・逃走反応) / chemical chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminobutyrate acetyltransferase / diaminobutyrate acetyltransferase activity / ectoine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-4-acetamido-2-azanyl-butanoic acid / L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Richter, A.A. / Kobus, S. / Czech, L. / Hoeppner, A. / Bremer, E. / Smits, S.H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The architecture of the diaminobutyrate acetyltransferase active site provides mechanistic insight into the biosynthesis of the chemical chaperone ectoine.
著者: Richter, A.A. / Kobus, S. / Czech, L. / Hoeppner, A. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. / Lauterbach, L. / Dickschat, J.S. / Bremer, E. / Smits, S.H.J.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年6月30日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
C: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
B: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,69410
ポリマ－60,8163
非ポリマー8797
水3,963220
1
A: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子

A: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0486
ポリマ－40,5442
非ポリマー5054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
2
B: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子

C: L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1707
ポリマ－40,5442
非ポリマー6275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444y-1/2,-x-1/2,z-1/41
Buried area3700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.214, 174.214, 60.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferase / DABA acetyltransferase


分子量: 20271.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus sp. (strain Y412MC10) (バクテリア)
株: Y412MC10 / 遺伝子: ectA, GYMC10_5665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3EKC1, diaminobutyrate acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-9YT / (2~{S})-4-acetamido-2-azanyl-butanoic acid / Nγ-アセチル-L-2,4-ジアミノ酪酸


分子量: 160.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M ammonium sulphate, 0.085 M MES pH 6.5, 25.5 % (w/v) PEG 5000 MME, 15 % (v/v) glycerol, 20 mM N-gamma-acetyl-2,4-diaminobutyrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→123.2 Å / Num. obs: 61331 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.67 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 16.75
反射 シェル解像度: 2.02→2.15 Å / 冗長度: 11.07 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 9451 / Rsym value: 1.08 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SLK

6slk


解像度: 2.2→123.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.972 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.139
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1568 3.3 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1687 46615 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.41 Å2 / Biso mean: 43.688 Å2 / Biso min: 25.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→123.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3931 0 59 220 4210
Biso mean--62.49 48.55 -
残基数----504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1451.9525579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14538651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1045509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13823.093194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.95315630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0771534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02985
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 114 -
Rwork0.225 3399 -
all-3513 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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