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- PDB-6sjs: Methyltransferase of the MtgA N227A mutant from Desulfitobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjs
タイトルMethyltransferase of the MtgA N227A mutant from Desulfitobacterium hafniense in complex with methyl-tetrahydrofolate
要素Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Anaerobic Bacteria / Glycine Betaine Metabolism / Methyl Transfer / Cobalamin / Tetrahydrofolate
機能・相同性tetrahydromethanopterin S-methyltransferase / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase, subunit H/Methyltransferase Mtx, subunit H / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase MtrH subunit / Dihydropteroate synthase-like / one-carbon metabolic process / methyltransferase activity / methylation / Chem-THH / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Badmann, T. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1309 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Structures in Tetrahydrofolate Methylation in Desulfitobacterial Glycine Betaine Metabolism at Atomic Resolution.
著者: Badmann, T. / Groll, M.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
B: Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,35611
ポリマ－66,9302
非ポリマー1,4259
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.160, 84.260, 86.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase


分子量: 33465.246 Da / 分子数: 2 / 変異: N227A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
遺伝子: Dhaf_4327 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B8FUR2, tetrahydromethanopterin S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-THH / N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDIN-6-YL]METHYL}AMINO)BENZOYL]-L-GLUTAMIC ACID / 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 27% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 51389 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7642 / CC1/2: 0.726

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SJ8

6sj8


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 6.4 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.128
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 2569 5 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1817 48810 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.05 Å2 / Biso mean: 22.296 Å2 / Biso min: 9.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4680 0 78 132 4890
Biso mean--37.4 28.2 -
残基数----608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0134854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.6546576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1841.58510703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8285606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35324.19210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55415816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8371514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.47839459
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 187 -
Rwork0.25 3552 -
all-3739 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

T12: 0.0001 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0084-0.0152-0.01650.1017-0.00020.0483-0.00130.001-0.00050.00040.00320.00630.0030.0023-0.00190.0004-0.00050.0121-0.00040.001223.5615-8.891363.5387
20.0060.00680.00680.1131-0.01070.04110.00040.0013-0.0017-0.00120.00330.0032-0.007-0.0012-0.00370.00190.00010.01260.00110.000914.889527.143660.5731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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