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万見
- PDB-6sit: Pseudo-atomic crystal structure of the desmoglein 2 - human adeno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sit
タイトルPseudo-atomic crystal structure of the desmoglein 2 - human adenovirus serotype 3 fibre knob complex
要素
  • Desmoglein-2
  • Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / virus receptor / extracellular domain / cell surface glycoprotein / desmosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / positive regulation of protein localization to cell-cell junction / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / negative regulation of endothelial cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / desmosome / mesenchymal to epithelial transition ...Purkinje myocyte development / positive regulation of protein localization to cell-cell junction / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / negative regulation of endothelial cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to wounding / desmosome / mesenchymal to epithelial transition / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of stem cell population maintenance / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOG GTPase cycle / intercalated disc / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / lateral plasma membrane / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / positive regulation of cell adhesion / response to progesterone / stem cell proliferation / cell-cell adhesion / cell junction / viral capsid / cell-cell junction / cell adhesion / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...Desmosomal cadherin / : / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fiber protein / Desmoglein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Burmeister, W.P. / Fender, P. / Vassal-Stermann, E.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-02 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-49-01 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Intermediate-resolution crystal structure of the human adenovirus B serotype 3 fibre knob in complex with the EC2-EC3 fragment of desmoglein 2.
著者: Vassal-Stermann, E. / Hutin, S. / Fender, P. / Burmeister, W.P.
履歴
登録2019年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
D: Desmoglein-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1208
ポリマ－47,8802
非ポリマー2406
水00
1
A: Fiber protein
D: Desmoglein-2
ヘテロ分子

A: Fiber protein
D: Desmoglein-2
ヘテロ分子

A: Fiber protein
D: Desmoglein-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,36124
ポリマ－143,6396
非ポリマー72118
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.530, 146.530, 146.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Fiber protein / SPIKE / Protein IV


分子量: 21270.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus B3 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P04501
#2: タンパク質 Desmoglein-2 / Cadherin family member 5 / HDGC


分子量: 26609.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: extracellular domain EC2 and EC3 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSG2, CDHF5 / プラスミド: pETM-40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q14126
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % / 解説: prisms
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 7 mg/mL complex in 20 mM Tris-HCl, pH 8, 150 mM NaCl, 3 mM CaCl2 using a reservoir solution of 15 % PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
詳細: Vertically focused by CRLs and horizontally focussed by a mirror in half-Kirkpatrick-Baez (KB) geometry
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.49→46.51 Å / Num. obs: 3184 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 233 Å2 / CC1/2: 0.997 / R split: 0.093 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.77 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
4.49-4.652.41.2590.62730.2110.9441.5851.2590.587.4
17.38-46.343.60.03822.7590.9970.0230.0450.0380.990.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1h7z

1h7z


解像度: 4.5→46.5 Å / SU R Cruickshank DPI: 1.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37 137 4.3 %random selection
Rwork0.3666 ---
obs-3129 97.1 %-
溶媒の処理Bsol: 252.167 Å2
原子変位パラメータBiso max: 382.5 Å2 / Biso mean: 252 Å2 / Biso min: 256.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 6 0 3378
Biso mean--297.18 --
残基数----429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.388
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.7 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 12 3.65 %
Rwork0.444 317 -
obs--88 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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