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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6si7 | |||||||||
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タイトル | Structure of the curli secretion-assembly complex CsgG:CsgF | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Secretion Channel / Curli / Outer Membrane Protein / Nanopore Sensing / Bacterial amyloid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 curli secretion complex / curli assembly / protein secretion by the type VIII secretion system / protein transmembrane transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Van der Verren, S.E. / Remaut, H. | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2020 タイトル: A dual-constriction biological nanopore resolves homonucleotide sequences with high fidelity. 著者: Sander E Van der Verren / Nani Van Gerven / Wim Jonckheere / Richard Hambley / Pratik Singh / John Kilgour / Michael Jordan / E Jayne Wallace / Lakmal Jayasinghe / Han Remaut / 要旨: Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35- ...Single-molecule long-read DNA sequencing with biological nanopores is fast and high-throughput but suffers reduced accuracy in homonucleotide stretches. We now combine the CsgG nanopore with the 35-residue N-terminal region of its extracellular interaction partner CsgF to produce a dual-constriction pore with improved signal and base-calling accuracy for homopolymer regions. The electron cryo-microscopy structure of CsgG in complex with full-length CsgF shows that the 33 N-terminal residues of CsgF bind inside the β-barrel of the pore, forming a defined second constriction. In complexes of CsgG bound to a 35-residue CsgF constriction peptide, the second constriction is separated from the primary constriction by ~25 Å. We find that both constrictions contribute to electrical signal modulation during single-stranded DNA translocation. DNA sequencing using a prototype CsgG-CsgF protein pore with two constrictions improved single-read accuracy by 25 to 70% in homopolymers up to 9 nucleotides long. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6si7.cif.gz | 434.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6si7.ent.gz | 354.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6si7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6si7_validation.pdf.gz | 966.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6si7_full_validation.pdf.gz | 1004.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6si7_validation.xml.gz | 73.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6si7_validation.cif.gz | 97.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6si7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6si7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13744.857 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Only first 35 residues were visible and built / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: csgF, b1038, JW1021 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AE98 #2: タンパク質 | 分子量: 30110.193 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: csgG, b1037, JW1020 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AEA2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CsgG:CsgF complex in DDM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.40 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MC4100 | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C43 / プラスミド: pTRC99 | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2045 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Phase flipping is done internally during relion processing タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4UV3 Accession code: 4UV3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |