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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6shy | ||||||
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タイトル | Structure of L320A/H321S double mutant of Rex8A from Paenibacillus barcinonensis | ||||||
![]() | Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A | ||||||
![]() | HYDROLASE / Xylan / Exo-oligoxylanase / Xylanases / Xylooligosaccharides / Xylooligomers / Xylose / Hydrolysis / Polysaccharides / Glycan / Glycan degradation / Xylan degradation / Glycosidase / Carbohydrate metabolism. | ||||||
機能・相同性 | ![]() oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jimenez-Ortega, E. / Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A from Paenibacillus barcinonensis BP-23 deciphers its molecular specificity. 著者: Jimenez-Ortega, E. / Valenzuela, S. / Ramirez-Escudero, M. / Pastor, F.J. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 382 / Label seq-ID: 6 - 382
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44430.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rex8A, DFQ00_11062 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0S2UQQ5, oligosaccharide reducing-end xylanase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: Bar |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 10% MPD, 0.01 M Hexammine cobalt(III) chloride. Microseeding. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日 / 詳細: KB focusing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→45.82 Å / Num. obs: 75674 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4471 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.463 / Rrim(I) all: 0.801 / % possible all: 94.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1WU4 解像度: 1.81→45.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.779 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.118 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.66 Å2 / Biso mean: 19.645 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→45.82 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 13659 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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