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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6shq | ||||||
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タイトル | Escherichia coli AGPase in complex with AMP. Symmetry C2 | ||||||
![]() | Glucose-1-phosphate adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ADP-glucose pyrophosphorilase Complex with AMP inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-1-phosphate adenylyltransferase complex / glucose-1-phosphate adenylyltransferase / glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity / glycogen biosynthetic process / AMP binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Cifuente, J.O. / Comino, N. / D'Angelo, C. / Marina, A. / Gil-Carton, D. / Albesa-Jove, D. / Guerin, M.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The allosteric control mechanism of bacterial glycogen biosynthesis disclosed by cryoEM. 著者: Javier O Cifuente / Natalia Comino / Cecilia D'Angelo / Alberto Marina / David Gil-Carton / David Albesa-Jové / Marcelo E Guerin / ![]() 要旨: Glycogen and starch are the major carbon and energy reserve polysaccharides in nature, providing living organisms with a survival advantage. The evolution of the enzymatic machinery responsible for ...Glycogen and starch are the major carbon and energy reserve polysaccharides in nature, providing living organisms with a survival advantage. The evolution of the enzymatic machinery responsible for the biosynthesis and degradation of such polysaccharides, led the development of mechanisms to control the assembly and disassembly rate, to store and recover glucose according to cell energy demands. The tetrameric enzyme ADP-glucose pyrophosphorylase (AGPase) catalyzes and regulates the initial step in the biosynthesis of both α-polyglucans. AGPase displays cooperativity and allosteric regulation by sensing metabolites from the cell energy flux. The understanding of the allosteric signal transduction mechanisms in AGPase arises as a long-standing challenge. In this work, we disclose the cryoEM structures of the paradigmatic homotetrameric AGPase from (AGPase), in complex with either positive or negative physiological allosteric regulators, fructose-1,6-bisphosphate (FBP) and AMP respectively, both at 3.0 Å resolution. Strikingly, the structures reveal that FBP binds deeply into the allosteric cleft and overlaps the AMP site. As a consequence, FBP promotes a concerted conformational switch of a regulatory loop, RL2, from a "locked" to a "free" state, modulating ATP binding and activating the enzyme. This notion is strongly supported by our complementary biophysical and bioinformatics evidence, and a careful analysis of vast enzyme kinetics data on single-point mutants of AGPase. The cryoEM structures uncover the residue interaction networks (RIN) between the allosteric and the catalytic components of the enzyme, providing unique details on how the signaling information is transmitted across the tetramer, from which cooperativity emerges. Altogether, the conformational states visualized by cryoEM reveal the regulatory mechanism of AGPase, laying the foundations to understand the allosteric control of bacterial glycogen biosynthesis at the molecular level of detail. #1: ![]() タイトル: The allosteric control mechanism of bacterial glycogen biosynthesis disclosed by cryoEM 著者: Cifuente, J.O. / Comino, N. / D'Angelo, C. / Marina, A. / Gil-Carton, D. / Albesa-Jove, D. / Guerin, M.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 551.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 461 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48758.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A6V1, glucose-1-phosphate adenylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-AMP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ADP.glucose pyrophosphorylase in complex with the inhibitor AMP タイプ: COMPLEX / 詳細: Homotetrameric enzyme / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.194 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample with single particles and some linear chains of particles | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Titan Krios I - Ebic - Diamond Light Source |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94769 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5L6V Accession code: 5L6V / Source name: PDB / タイプ: experimental model |