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- PDB-6sh1: Crystal structure of substrate-free human neprilysin E584D. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sh1
タイトルCrystal structure of substrate-free human neprilysin E584D.
要素Neprilysin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Zinc Metalloprotease / Neprilysin / Neutral Endopeptidase.
機能・相同性
機能・相同性情報


neuropeptide processing / neprilysin / creatinine metabolic process / oligopeptidase activity / exopeptidase activity / substance P catabolic process / Physiological factors / cellular response to UV-A / peptide metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process ...neuropeptide processing / neprilysin / creatinine metabolic process / oligopeptidase activity / exopeptidase activity / substance P catabolic process / Physiological factors / cellular response to UV-A / peptide metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / cardiolipin binding / neuron projection terminus / positive regulation of neurogenesis / cellular response to UV-B / phosphatidylserine binding / cellular response to cytokine stimulus / amyloid-beta clearance / brush border / replicative senescence / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / sensory perception of pain / peptide binding / lung development / secretory granule membrane / placenta development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / kidney development / trans-Golgi network / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / protein processing / response to estrogen / synaptic vesicle / presynapse / cytoplasmic vesicle / endopeptidase activity / learning or memory / early endosome / ciliary basal body / membrane raft / axon / focal adhesion / neuronal cell body / synapse / dendrite / centrosome / Neutrophil degranulation / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M13 / Peptidase M13, N-terminal domain / Peptidase M13, C-terminal domain / Peptidase M13, domain 2 / Peptidase family M13 / Peptidase family M13 / Neprilysin-like (M13) protease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private286 (AS-PhD2015b006) 英国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of peptide-bound neprilysin reveals key binding interactions.
著者: Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Neprilysin
CCC: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,11015
ポリマ－159,0232
非ポリマー2,08713
水8,917495
1
AAA: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5247
ポリマ－79,5111
非ポリマー1,0126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CCC: Neprilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5868
ポリマ－79,5111
非ポリマー1,0747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.140, 99.745, 100.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.231, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neprilysin / Atriopeptidase / Common acute lymphocytic leukemia antigen / CALLA / Enkephalinase / Neutral ...Atriopeptidase / Common acute lymphocytic leukemia antigen / CALLA / Enkephalinase / Neutral endopeptidase 24.11 / Neutral endopeptidase / Skin fibroblast elastase / SFE


分子量: 79511.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MME, EPN / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P08473, neprilysin
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Potassium nitrate, sodium bromide, Bis-Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→69.22 Å / Num. obs: 576297 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 32234 / CC1/2: 0.464

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GID

6gid


解像度: 2.1→69.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 4268 5.093 %
Rwork0.2184 --
all0.221 --
obs-83801 99.917 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.422 Å2-0 Å2-2.141 Å2
2--2.931 Å20 Å2
3----0.224 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→69.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11031 0 126 495 11652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01311487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01710182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.65415607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3491.58723660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.63351405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97423.568639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.516151904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6861561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.22409
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.29132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1540.25579
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0570.24843
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0370.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1190.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1340.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5834.3085605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5834.3085604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5866.467015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5866.467016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7494.5475882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7494.5475883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.966.7448592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.966.7448593
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.61150.52513198
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.58450.44713117
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1550.3463370.35158350.35161890.6950.69899.72530.356
2.155-2.2140.3382910.32657080.32660090.7170.73799.83360.329
2.214-2.2780.3482880.32455870.32558830.7610.75399.8640.323
2.278-2.3480.3362900.29453680.29656640.7910.79799.89410.293
2.348-2.4250.3222890.2751960.27254920.8160.84299.87250.268
2.425-2.510.2982610.26551110.26753740.820.84599.96280.262
2.51-2.6040.3122570.26448520.26751110.8370.85199.96090.259
2.604-2.7110.3372600.24647370.2549970.8340.8791000.24
2.711-2.8310.2972510.23945120.24247630.8670.8911000.233
2.831-2.9690.3042260.22442930.22845210.8780.90699.95580.218
2.969-3.130.2922120.22441330.22743470.8850.90699.9540.222
3.13-3.3190.2952090.2338720.23340820.8750.90199.97550.231
3.319-3.5480.3061770.22136810.22438580.8760.9181000.225
3.548-3.8320.2441840.19534260.19736110.9240.94399.97230.204
3.832-4.1970.2011860.17331170.17533030.9480.9511000.189
4.197-4.6910.1931460.16728500.16829960.9580.9581000.189
4.691-5.4150.2161400.18625360.18826760.9440.9481000.211
5.415-6.6270.251240.19921190.20122430.9140.9421000.227
6.627-9.3490.184950.15716560.15817510.9550.9641000.185
9.349-96.1290.199450.1969440.19710010.9550.96198.80120.302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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