PDB-6sfa: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sfa

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with Mn ions

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / Mn ions

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with Mn ions
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sfa.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sfa.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sdn 6sdo 6sdp 6sdq 6se2 6sf8 6sf9
類似構造データ	5qpw-1 6se2-1 6sf9-1 5qpt-1 5qph-1 6r0b-1 6sdp-1 5qpe-1 1yhk-1 5qpo-1 6r09-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.746, 57.746, 397.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.893174 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.893174 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.69 Å / Num. obs: 57642 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.25 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 24.24
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 8564 / CC_1/2: 0.875 / R_sym value: 0.5 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.62 Å / SU ML: 0.1968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.2396
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	2873	4.98 %
R_work	0.1673	54764	-
obs	0.1691	57637	98.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2753	0	7	174	2934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	2846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9697	3882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0061	497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.077	1672

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.2801	115	0.2566	2224	X-RAY DIFFRACTION	81.5
1.93-1.96	0.2853	127	0.2174	2413	X-RAY DIFFRACTION	92.77
1.96-2	0.2365	129	0.1943	2515	X-RAY DIFFRACTION	93.39
2-2.04	0.2129	138	0.1739	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.04-2.08	0.2098	139	0.1622	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.1973	143	0.1549	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.1859	134	0.1466	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.2197	142	0.1413	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.29	0.2047	133	0.1469	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.36	0.1615	145	0.149	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.213	137	0.1528	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.52	0.1837	135	0.1468	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.62	0.1879	134	0.1445	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.74	0.1994	138	0.1486	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.88	0.1814	147	0.1662	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.06	0.2184	138	0.1736	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.3	0.2037	132	0.178	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.63	0.1989	139	0.1697	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.16	0.1986	138	0.1551	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.24	0.16	146	0.1541	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-49.62	0.2549	144	0.2159	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.13106106554	0.147056441104	0.324459294968	0.512790193668	-0.00887082391674	0.468426401912	-0.0586651519866	-0.0399245718217	0.190330583387	-0.0015338740124	0.0114439856991	0.0493037738665	-0.0193933961553	-0.0323951311455	-3.58747683387E-7	0.197471400758	-0.0163606215652	0.00791318955493	0.220968325469	-0.0141121805297	0.242190103188	32.6912339164	32.9179249277	31.8055427655
2	0.670149805259	-0.269907078004	-0.387566917351	0.497494299686	0.0875036561336	0.682932133011	-0.00369538659495	0.143618984637	0.154020881503	-0.117265648652	0.0347772478307	-0.0945818552538	-0.11190598845	-0.00162693644688	1.12217497713E-6	0.317260211473	-0.0270454854082	0.012181705151	0.354389811791	0.022440180286	0.277896182171	42.8025202548	31.8168486526	9.4107962661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 171 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 172 through 358 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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