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万見
- PDB-6sen: TEAD4 bound to a FAM181A peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sen
タイトルTEAD4 bound to a FAM181A peptide
要素
  • Protein FAM181A
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / TEAD4 / FAM181A
機能・相同性
機能・相同性情報


trophectodermal cell fate commitment / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / cell fate specification / muscle organ development / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / embryonic organ development ...trophectodermal cell fate commitment / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / cell fate specification / muscle organ development / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / embryonic organ development / embryo implantation / skeletal system development / protein-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM181 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. ...FAM181 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional enhancer factor TEF-3 / Protein FAM181A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Scheufler, C. / Villard, F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Identification of FAM181A and FAM181B as new interactors with the TEAD transcription factors.
著者: Bokhovchuk, F. / Mesrouze, Y. / Delaunay, C. / Martin, T. / Villard, F. / Meyerhofer, M. / Fontana, P. / Zimmermann, C. / Erdmann, D. / Furet, P. / Scheufler, C. / Schmelzle, T. / Chene, P.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
L: Protein FAM181A
M: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0919
ポリマ－55,6114
非ポリマー4805
水4,306239
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
L: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0945
ポリマ－27,8062
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
M: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9984
ポリマ－27,8062
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.490, 132.070, 62.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.870, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / Transcription factor 13-like 1 / Transcription factor RTEF-1


分子量: 25807.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD4, RTEF1, TCF13L1, TEF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15561
#2: タンパク質・ペプチド Protein FAM181A


分子量: 1998.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FAM181A peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N9Y4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.59
詳細: 200 mM Ammonium sulfate 100 mM Sodium acetate trihydrate pH 4.59 35% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99982 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.614→50.224 Å / Num. obs: 47462 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.614→1.732 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.835 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2373 / CC1/2: 0.579 / Rsym value: 0.835 / % possible all: 20.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GE3

6ge3


解像度: 1.65→23.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.121 / SU Rfree Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.113
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2362 5.01 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 47141 81.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 118.76 Å2 / Biso mean: 36.77 Å2 / Biso min: 18.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0219 Å20 Å20.5574 Å2
2---2.024 Å20 Å2
3---2.0021 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→23.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3694 0 25 239 3958
Biso mean--40.39 42.17 -
残基数----454
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1356SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes670HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3937HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion489SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4622SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3937HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5348HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.7
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 58 6.15 %
Rwork0.2225 885 -
all0.2237 943 -
obs--20.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0240.2954-0.14861.5184-0.21681.08270.0092-0.1231-0.0530.02080.0278-0.13510.0761-0.0056-0.037-0.0807-0.02850.0063-0.0515-0.0191-0.00685.460216.409820.0174
21.23130.1526-0.13292.14890.26080.6407-0.12780.09690.1247-0.23230.0137-0.00270.0059-0.11020.1141-0.0365-0.0404-0.0392-0.0703-0.0074-0.064611.654649.010710.6583
33.07460.9056-1.22482.245-1.52737.48340.0411-0.1394-0.6704-0.3752-0.0771-0.33990.63040.43950.0360.0032-0.0658-0.0001-0.12050.01050.08041.8495-1.105812.9267
46.5783-0.55930.77612.5762-1.41242.2072-0.09840.54390.738-0.6453-0.0226-0.1536-0.26710.12040.1210.0217-0.0946-0.018-0.12870.07320.071424.844561.88415.5485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A217 - 433
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B217 - 434
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L189 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4{ M|* }M189 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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