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- PDB-6sei: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sei
タイトルRecognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease
要素
  • (Structure-specific endonuclease subunit ...) x 2
  • DNA (32-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Resolvase / Structure-Selective endonuclease / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


Slx1-Slx4 complex / organelle organization / 5'-flap endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Structure-specific endonuclease subunit Slx4, ascomycetes / Structure-specific endonuclease subunit Slx1 / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / GIY-YIG endonuclease superfamily ...Structure-specific endonuclease subunit Slx4, ascomycetes / Structure-specific endonuclease subunit Slx1 / Structure-specific endonuclease subunit Slx4 / Slx4 endonuclease / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / GIY-YIG endonuclease / GIY-YIG catalytic domain / GIY-YIG domain profile. / GIY-YIG endonuclease superfamily / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Structure-specific endonuclease subunit SLX4 / Structure-specific endonuclease subunit SLX1 / Structure-specific endonuclease subunit SLX4
類似検索 - 構成要素
生物種Thielavia terrestris (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Gaur, V. / Zajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust098022 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease.
著者: Gaur, V. / Ziajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
B: Structure-specific endonuclease subunit SLX4
C: Structure-specific endonuclease subunit SLX1
D: Structure-specific endonuclease subunit SLX4
E: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,62711
ポリマ－105,2855
非ポリマー3426
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Slx1 and Slx4 form a stable complex in gel filtration experiments.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area39160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.075, 92.700, 93.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.603, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Structure-specific endonuclease subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX1


分子量: 35744.246 Da / 分子数: 2 / 変異: E79Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia terrestris (菌類) / 遺伝子: SLX1, THITE_2107775 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G2QV68, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Structure-specific endonuclease subunit SLX4


分子量: 11833.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia terrestris (菌類) / 遺伝子: SLX4, TT172_LOCUS87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S4CYR8, UniProt: G2RCY5*PLUS

-
DNA鎖 , 1種, 1分子 E

#3: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 10129.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Random sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 282分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M calcium chloride dihydrate, and 20% (v/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→46.61 Å / Num. obs: 28286 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.49 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.23
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 3.59 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SEH

6seh


解像度: 2.69→46.61 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.0784
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1451 5.13 %
Rwork0.2084 26835 -
obs0.2152 28286 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→46.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5596 647 6 276 6525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00376482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63738934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07014290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.790.34751400.27322653X-RAY DIFFRACTION93.98
2.79-2.90.33991430.2542720X-RAY DIFFRACTION94.48
2.9-3.030.31631410.23692669X-RAY DIFFRACTION94.51
3.03-3.190.30231400.2332672X-RAY DIFFRACTION93.56
3.19-3.390.30381400.22772648X-RAY DIFFRACTION93.67
3.39-3.650.27831420.21372694X-RAY DIFFRACTION94.36
3.65-4.020.21241410.19642696X-RAY DIFFRACTION94.2
4.02-4.60.25321420.18642689X-RAY DIFFRACTION93.79
4.6-5.790.22151420.18032691X-RAY DIFFRACTION94.19
5.79-46.360.24141440.20942734X-RAY DIFFRACTION93.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18145726168-0.362431460758-0.593340647770.3656118943220.9454112154713.39534094419-0.00344758596058-0.0403915293902-0.1130265671260.0752292863276-0.09183838855410.1341830348110.144260469429-0.2576398678970.1282596500930.434831646969-0.04177843045970.05661110777870.135835585212-0.01481786440770.0859778063738-52.5832400919-40.96370912572.91225096001
24.21219897444-0.0362969855304-0.2459545055661.972129749561.594362972125.472369884670.0787290620895-0.777292729517-0.7493324761851.08328530057-0.1713388924860.08267174700431.09638706242-0.06828442429330.1423583503710.591060663634-0.01576638641520.02541074399410.4864934095210.04277234465630.359560455955-63.84502343-40.42305944389.00861346776
30.7470186340560.136117596999-0.6052407551280.9787346539-0.003797068609162.063427206660.0216592146908-0.189996671655-0.0261502337440.180135533807-0.1236134560360.1635873551990.1252386700880.09444996322590.131723929640.379125903391-0.03655979741540.02350216050760.163120276417-0.02990415062350.0922444822971-45.7215167771-42.76215891965.07882906668
42.15488196954-1.80986177846-1.49330585911.973932687651.136879604342.2181343668-0.1183560488810.296790382179-0.2628040392580.11938514227-0.166773849970.1796310762920.435261660254-0.2828095912910.1312308391210.753733180188-0.09920982523820.1313508374390.3767434557560.01413305526710.197353818061-42.3875423957-45.471283427717.1323222419
50.215812302573-0.06366230984160.09381466799330.2055695822790.1382432986120.753089401322-0.100594159875-0.02855860050670.06638416744710.0591030831301-0.007287891327190.00220345890242-0.0904403721332-0.0327365284499-0.2100004310940.481566725535-0.0225196374444-0.01035221498540.142990302893-0.0519769164670.0798780589032-39.7786747781-32.78377049777.37472670215
61.68311702820.0299874921587-0.6995715037741.675822260210.5094665265171.85713661102-0.09296324754320.195390472890.208201261271-0.0372140368449-0.002225334693750.0326705315194-0.2275350797810.07206732644550.1353394596870.492960090051-0.01072910546380.02867437184020.1980548196020.01617327925380.0770250520079-41.3316437073-28.0478785632-0.329156140562
71.3384183091-0.331219290986-0.9067644005840.3260121168940.5698343744611.159860697160.05010408428320.322643116583-0.0236597509814-0.0400711958456-0.09859938723810.0733723114055-0.0509938493356-0.2147873873430.04524116494510.4583965880970.007602969697570.001481204186990.205012335316-0.009215775861270.105188086615-34.5409112632-46.7739385501-20.7191899607
81.32013462828-0.129935988885-0.8314359779481.34602575657-0.1051805002432.031464811010.02844400342250.08312928839170.124554998880.00201565428183-0.0495861901577-0.0449735481944-0.3167948914760.0658462250733-0.05545847846720.482552687937-0.02318482118870.02211260731920.1076942299680.003252729811570.0828811806857-24.5231320785-42.6297252698-13.084979683
91.07584703921-0.157118885375-0.6343374598960.380715752627-0.3593876038451.963351618660.01800671129390.266904769542-0.0657357211307-0.2141179198560.01041449578240.0642902393656-0.0390686440047-0.2909054445410.1053465881480.480827789954-0.0156761304175-0.03143506917580.205794140344-0.03205122654910.0585247441416-39.2825780249-47.9464877591-16.3241629332
103.86028075638-0.272833054976-1.051571146171.236836697191.122785800031.18956293172-0.079997105262-0.7750873530110.4162042633230.3910017450410.0342330873261-0.320527787639-0.5398966642050.5396356900580.002286179240860.642814652821-0.0388306720664-0.1146322840310.30275241043-0.03342192580990.191219290991-16.6168851925-54.23190672638.28519069214
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 41 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 157 through 198 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 199 through 245 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 246 through 285 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 286 through 312 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 842 through 861 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 862 through 872 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 873 through 899 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 900 through 925 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 4 through 59 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 60 through 83 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 84 through 143 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 144 through 207 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 208 through 222 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 223 through 285 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 286 through 311 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 842 through 860 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 861 through 872 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 873 through 900 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 901 through 925 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 2 through 11 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 12 through 26 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 27 through 33 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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