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- PDB-6scs: Cell Division Protein SepF in complex with C-terminal domain of FtsZ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scs
タイトルCell Division Protein SepF in complex with C-terminal domain of FtsZ
要素
  • Cell division protein FtsZ
  • Cell division protein SepF
キーワードCELL CYCLE / Cell Division protein
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein SepF / SepF-like protein / Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. ...Cell division protein SepF / SepF-like protein / Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Translation Initiation Factor IF3 / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsZ / Cell division protein SepF
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sogues, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-18-CE11-0017-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Essential dynamic interdependence of FtsZ and SepF for Z-ring and septum formation in Corynebacterium glutamicum.
著者: Sogues, A. / Martinez, M. / Gaday, Q. / Ben Assaya, M. / Grana, M. / Voegele, A. / VanNieuwenhze, M. / England, P. / Haouz, A. / Chenal, A. / Trepout, S. / Duran, R. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein SepF
B: Cell division protein SepF
D: Cell division protein SepF
E: Cell division protein SepF
P: Cell division protein FtsZ
Q: Cell division protein FtsZ
R: Cell division protein FtsZ
S: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2069
ポリマ－37,1828
非ポリマー241
水2,054114
1
A: Cell division protein SepF
B: Cell division protein SepF
P: Cell division protein FtsZ
Q: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6155
ポリマ－18,5914
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
2
D: Cell division protein SepF
E: Cell division protein SepF
R: Cell division protein FtsZ
S: Cell division protein FtsZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5914
ポリマ－18,5914
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.246, 75.534, 52.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cell division protein SepF


分子量: 8147.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: sepF, Cgl2152
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NNN6
#2: タンパク質・ペプチド
Cell division protein FtsZ


分子量: 1148.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
参照: UniProt: P94337*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1M MES pH 6.5, 30% w/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.45 Å / Num. obs: 13335 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Num. unique obs: 1155 / CC1/2: 0.896 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→18.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU R Cruickshank DPI: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.399 / SU Rfree Blow DPI: 0.243 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.246
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 607 4.57 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 13296 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 107.59 Å2 / Biso mean: 31.82 Å2 / Biso min: 11.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.4931 Å20 Å2-1.2544 Å2
2--11.1839 Å20 Å2
3---3.3092 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→18.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 1 114 2511
Biso mean--45.71 35.01 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d839SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes420HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2433HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3041SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2433HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3282HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.84
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 17 3.83 %
Rwork0.2283 427 -
all0.2302 444 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33341.37730.37483.74121.17591.7842-0.07560.2668-0.2084-0.09330.0809-0.24550.07980.1139-0.0053-0.15960.0247-0.1233-0.16490.0073-0.038735.76181.8584-4.6751
21.8758-1.4046-0.28183.04020.31293.2501-0.1015-0.1720.12810.09560.1261-0.0790.033-0.0444-0.0247-0.07270.0027-0.1165-0.128-0.0159-0.001337.221618.24034.0772
30.84710.24310.53150.68310.52662.6090.04560.09540.0599-0.03590.0593-0.09-0.04960.0743-0.105-0.1168-0.0045-0.115-0.1477-0.008-0.02727.0041.91-22.7209
40.71870.46240.20813.94810.40751.9857-0.05850.064-0.0948-0.10160.06660.01280.0323-0.1042-0.0081-0.0488-0.0155-0.14510.0114-0.02810.095722.6301-14.8937-31.1136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A67 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B70 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }D63 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }E70 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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