PDB-6sch: NADH-dependent variant of CBADH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sch

タイトル

NADH-dependent variant of CBADH

要素

NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium beijerinckii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Selles Vidal, L. / Murray, J.W. / Heap, J.T.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Versatile selective evolutionary pressure using synthetic defect in universal metabolism.
著者: Selles Vidal, L. / Murray, J.W. / Heap, J.T.

履歴

登録	2019年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sch.cif.gz	665.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sch.ent.gz	460.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sch_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sch_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	6sch_validation.xml.gz	56.4 KB	表示
CIF形式データ	6sch_validation.cif.gz	76.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sch	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6sdmC 1kevS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1kev-d 7jns-d 2b83-d 1y9a-1 7jnq-d 1jqb-d 4cpd-d 1r37-1 1ykf-d 3fsr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (10) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

B: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

C: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

D: NADP-dependent isopropanol dehydrogenase

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.812, 99.570, 114.089
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.768, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 352 / Label seq-ID: 1 - 352

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	(chain 'A' and resid 1 through 352)	A	A
2	2	(chain 'B' and resid 1 through 352)	B	B
3	3	(chain 'C' and resid 1 through 352)	C	C
4	4	(chain 'D' and resid 1 through 352)	D	D

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	NADP-dependent isopropanol dehydrogenase / CbADH 分子量: 38383.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア) 遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25984, isopropanol dehydrogenase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 374分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル分子量: 414.488 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₁₀ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 900 mM sodium citrate, 100 mM imidazole pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.192→74.165 Å / Num. obs: 83162 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.89 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.192→2.229 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 1.061 / Num. unique obs: 3576 / CC_1/2: 0.347 / R_rim(I) all: 1.346 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kev

1kev

解像度: 2.2→69.01 Å / SU ML: 0.255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	4038	4.88 %	random
R_work	0.1636	78733	-	-
obs	0.1658	82771	98.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→69.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10666	0	332	356	11354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	11209
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0277	15105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9819	6675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.2752	124	0.2494	2256	X-RAY DIFFRACTION	81.59
2.22-2.25	0.3045	110	0.258	2400	X-RAY DIFFRACTION	88.38
2.25-2.28	0.3001	130	0.2581	2539	X-RAY DIFFRACTION	93
2.28-2.31	0.3203	127	0.2428	2703	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.31-2.34	0.2886	153	0.2366	2676	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.34-2.38	0.2975	139	0.2254	2717	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.38-2.41	0.2932	132	0.2172	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.41-2.45	0.2771	135	0.2121	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.45-2.49	0.2559	130	0.2008	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.49-2.53	0.2433	139	0.193	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.53-2.58	0.256	126	0.1863	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.63	0.2659	137	0.1923	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.63-2.68	0.24	156	0.1921	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.74	0.2504	155	0.1788	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.74-2.8	0.2365	163	0.1802	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-2.87	0.2274	135	0.1753	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.87-2.95	0.2285	148	0.1757	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.95-3.04	0.2454	130	0.1785	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.04-3.14	0.2112	142	0.1818	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.14-3.25	0.2268	126	0.1823	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.38	0.251	136	0.1731	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.38-3.53	0.2017	141	0.1587	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.53-3.72	0.1792	158	0.1505	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.72-3.95	0.1679	137	0.1355	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.95-4.26	0.1536	136	0.1219	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.26-4.68	0.1523	141	0.1158	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.68-5.36	0.1517	157	0.129	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.36-6.75	0.2101	142	0.1542	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.75-69.01	0.1794	153	0.1417	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.67172250585	0.558904891743	0.705155568018	2.42568282191	0.00542847714474	1.67228509596	0.099129060893	-0.379762414275	0.0396767547304	0.267835048822	-0.0492206481587	-0.0975731036771	0.0175179227718	-0.0380406083775	-0.0491425919459	0.284412866664	0.00228408735696	0.022392425761	0.301967751832	0.0135880240386	0.227206810127	51.4677439934	-20.505958427	52.1118508377
2	2.45629872332	-0.607196207722	-0.00732570753378	2.47380311146	-0.223683538665	1.23456929407	0.0697962643153	-0.0891377159923	0.460827921956	0.04743172798	-0.0479730752329	-0.16243245053	-0.225007918607	0.138318150457	-0.0294660151937	0.258588083957	-0.0492299607013	0.0132300128122	0.259486693743	-0.00991060605683	0.325111759886	42.1096904067	-0.753570406932	36.2396522396
3	4.15928683536	1.94070856802	2.65540475199	4.23568421844	1.61505680772	2.07737943957	-0.106920271344	-0.293403623688	0.617259319413	0.370528101964	-0.0607302432798	-0.134456554235	-0.327022708274	0.437813766884	0.168357464695	0.270044467457	-0.00243040879589	0.0301371937099	0.365418578832	-0.0285157253523	0.420936879348	61.4598235086	-6.61134374534	47.407100511
4	2.68425555246	-0.219807161449	-0.146615413743	2.04715174277	0.447342266752	5.56100414993	0.159598683734	0.154419110338	0.658382736114	-0.0185660544859	-0.0277989187992	0.381509936516	-0.859965444245	-0.0889656423172	-0.0513941480486	0.410318638511	0.0992484035326	0.0261210248445	0.297719075917	0.0643106411435	0.603647115343	4.51292060539	9.79603778492	23.4229206366
5	4.65089806935	-0.833133628636	-0.196189971304	0.784825053926	-0.135718515791	2.08451243824	0.146037070202	0.180497615586	0.660131980025	-0.136523636971	-0.0849339992043	0.117939384488	-0.165957261471	-0.186067710212	-0.0405830254362	0.273049823919	0.0368517600337	0.00838847144905	0.217594491598	0.0476167020917	0.369655094839	10.5693592394	1.2959339843	21.4117180389
6	2.17316539859	-0.429195914477	3.14838058256	5.05179693526	-3.77698905892	7.07694830623	-0.0613463543073	-0.0140966760432	0.0673443587622	-0.13650499739	-0.0719259344374	-0.0709035263942	0.194457221189	-0.128247723643	0.140394759647	0.189533582214	-0.0222097750858	0.0745059845226	0.228281832615	-0.0328654593613	0.300925186978	15.9006545311	-12.7105828004	36.6238999386
7	8.23299699078	-0.62092711247	-0.781113922469	2.47187037849	-2.94106747357	5.36421548032	-0.0508975513664	-0.168488094334	0.271237659474	0.186154205365	0.161361442751	0.300840037153	-0.00171470847185	-0.73842762722	-0.038722370614	0.187238472543	-0.0456226481037	0.0331905982449	0.289863907107	-0.039149857251	0.255787952667	7.55020759269	-13.7602645597	41.8668885784
8	5.62776597707	0.359550822833	-0.850453329507	3.59708128383	-1.01692927212	7.90399276873	-0.0560091173249	-0.478637653582	0.0821473671018	0.464270200694	-0.0395308267971	0.209754742664	0.067176512782	-0.141424479212	0.0757341633202	0.252743861988	-0.0432341998159	0.049709751575	0.221781811582	-0.0730409268896	0.222198127035	15.6196961539	-13.5915337011	51.6463492374
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 150 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 151 through 310 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 311 through 352 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 151 through 176 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 177 through 210 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 211 through 245 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 246 through 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 311 through 326 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 327 through 352 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 79 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 80 through 210 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 211 through 292 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 293 through 355 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 150 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 151 through 292 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 293 through 354 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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