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- PDB-6sc4: Gamma-Carbonic Anhydrase from the Haloarchaeon Halobacterium sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sc4
タイトルGamma-Carbonic Anhydrase from the Haloarchaeon Halobacterium sp.
要素Uncharacterized protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Red Sea Brine Pool Discovery Deep / Halophile / Salt Adaptation / Enzyme Engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種candidate division MSBL1 archaeon SCGC-AAA259I09 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vogler, M. / Karan, R. / Renn, D. / Vancea, A. / Vielberg, V.-T. / Groetzinger, S.W. / DasSarma, P. / Das Sarma, S. / Eppinger, J. / Groll, M. / Rueping, M.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure and Active Site Engineering of a Halophilic gamma-Carbonic Anhydrase.
著者: Vogler, M. / Karan, R. / Renn, D. / Vancea, A. / Vielberg, M.T. / Grotzinger, S.W. / DasSarma, P. / DasSarma, S. / Eppinger, J. / Groll, M. / Rueping, M.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,02743
ポリマ－105,8625
非ポリマー3,16538
水9,368520
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,29624
ポリマ－63,5173
非ポリマー1,77921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7680 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
2
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,94330
ポリマ－63,5173
非ポリマー2,42627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area9880 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,24927
ポリマ－63,5173
非ポリマー1,73224
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
Buried area8930 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)362.640, 362.640, 362.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-203-

SO4

21D-203-

SO4

31D-204-

SO4

41D-204-

SO4

51D-207-

TRS

61D-208-

TRS

71D-208-

TRS

81E-902-

SO4

91E-906-

TRS

101E-906-

TRS

111D-1001-

HOH

121D-1002-

HOH

131D-1099-

HOH

141E-1109-

HOH

151E-1111-

HOH

161E-1112-

HOH

171E-1119-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 21172.318 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) candidate division MSBL1 archaeon SCGC-AAA259I09 (古細菌)
遺伝子: AKJ37_07020 / 発現宿主: Halobacterium sp. (好塩性) / 株 (発現宿主): NRC-1 / Variant (発現宿主): DELTAura3 / 参照: UniProt: A0A133ULQ3

-
非ポリマー , 7種, 558分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.05 M CdSO4, 0.8 M NaOAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 62896 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 12673 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V3W

1v3w


解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.345 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.193
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 3124 5 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1787 59365 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.68 Å2 / Biso mean: 47.499 Å2 / Biso min: 11.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6917 0 91 520 7528
Biso mean--72.85 45.98 -
残基数----890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197110
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.9619602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.857316079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3255894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8725310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.623151323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.371540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021254
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 222 -
Rwork0.334 4215 -
all-4437 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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