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万見
- PDB-6sbx: CdbA Form Two -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbx
タイトルCdbA Form Two
要素CdbA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleoid ribbon-helix-helix
機能・相同性MXAN_4361/MXAN_4362 family small protein / TIGR04563 family protein
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Cadby, I.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: CdbA is a DNA-binding protein and c-di-GMP receptor important for nucleoid organization and segregation in Myxococcus xanthus.
著者: Skotnicka, D. / Steinchen, W. / Szadkowski, D. / Cadby, I.T. / Lovering, A.L. / Bange, G. / Sogaard-Andersen, L.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CdbA
C: CdbA
B: CdbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8953
ポリマ－23,8953
非ポリマー00
水00
1
A: CdbA
B: CdbA

C: CdbA

C: CdbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8594
ポリマ－31,8594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
crystal symmetry operation15_554y,x,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)134.690, 134.690, 53.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22B
13C
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA5 - 575 - 57
21THRTHRCB5 - 575 - 57
12PROPROAA5 - 515 - 51
22PROPROBC5 - 515 - 51
13PROPROCB5 - 515 - 51
23PROPROBC5 - 515 - 51

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 CdbA


分子量: 7964.869 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: MXAN_4361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D489

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Na malonate pH 7 0.1M Hepes 30% polyacrylate 2100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→49.47 Å / Num. obs: 10699 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.33-2.3919.21.625142717430.6470.3781.671.695.6
10.42-49.4218.30.0527801520.9980.0110.05148.999.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→49.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 22.909 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.2838 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.217
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 954 8.9 %RANDOM
Rwork0.2157 ---
obs0.2183 9739 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.1 Å2 / Biso mean: 99.728 Å2 / Biso min: 54.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å20 Å2-0 Å2
2---2.51 Å20 Å2
3---5.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 0 0 1325
残基数----157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.6541810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2181.5922969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0375154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93421.47788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92815269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8391515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02301
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A14920.16
12C14920.16
21A13570.14
22B13570.14
31C13760.14
32B13760.14
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.391 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 65 -
Rwork0.327 678 -
all-743 -
obs--95.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64181.66932.01545.92941.82817.99350.186-0.42680.34570.7482-0.1551-0.631-0.69430.8457-0.03090.3437-0.1279-0.08050.4354-0.23310.48384.381-22.361-9.488
26.1014-1.83424.60825.1708-2.52624.96690.21180.20870.41-0.01570.0698-0.3832-0.16230.2076-0.28160.1466-0.0370.20050.1668-0.10420.4269-19.525-20.272-26.637
36.67480.08161.73014.2618-1.5326.82780.3295-0.22070.35170.6682-0.1424-0.5382-0.52750.5117-0.18710.3145-0.1219-0.05430.3312-0.29290.39852.193-22.73-11.33
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2C4 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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