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万見
- PDB-6sbp: Plant Cysteine Oxidase PCO5 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbp
タイトルPlant Cysteine Oxidase PCO5 from Arabidopsis thaliana
要素Plant cysteine oxidase 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix fold / cysteine dioxygenase / iron cofactor / oxygen sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine oxidation / detection of hypoxia / cysteine dioxygenase / cysteine dioxygenase activity / cellular response to hypoxia / iron ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine oxygenase/2-aminoethanethiol dioxygenase / PCO_ADO / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Plant cysteine oxidase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者White, M.D. / Flashman, E. / McDonough, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structures of Arabidopsis thaliana oxygen-sensing plant cysteine oxidases 4 and 5 enable targeted manipulation of their activity.
著者: White, M.D. / Dalle Carbonare, L. / Lavilla Puerta, M. / Iacopino, S. / Edwards, M. / Dunne, K. / Pires, E. / Levy, C. / McDonough, M.A. / Licausi, F. / Flashman, E.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plant cysteine oxidase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5773
ポリマ－29,4261
非ポリマー1512
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.910, 68.910, 123.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

GOL

21A-497-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Plant cysteine oxidase 5


分子量: 29426.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PCO5, At3g58670, T20N10.20 / プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LXT4, cysteine dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9763
シンクロトロンDiamond I0221.0721
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2016年3月7日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2016年2月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
21.07211
反射

Entry-ID: 6SBP

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsRpim(I) all
1.91-48.74264413599.8312.810.065121
2.15-48.411691199.912.610.039232.761.6050.0350.011
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible allRmerge(I) obsRpim(I) all
1.91-1.9613.52.417200.81.2551100
2.15-2.2113.32.1163030.7571.478299.71.3780.403

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→48.727 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 2151 4.94 %
Rwork0.2048 --
obs0.2055 43502 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.72 Å2 / Biso mean: 62.9523 Å2 / Biso min: 32.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→48.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1835 0 7 101 1943
Biso mean--73.14 54.69 -
残基数----241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.91-1.95450.6061230.6301224981
1.9545-2.00340.41021440.4144273497
2.0034-2.05750.36161440.30822798100
2.0575-2.11810.31561770.28622781100
2.1181-2.18640.30871510.27852785100
2.1864-2.26460.47391370.3814279899
2.2646-2.35520.321500.2933275799
2.3552-2.46240.23451370.23112817100
2.4624-2.59220.23951320.21862791100
2.5922-2.75460.20681480.20742813100
2.7546-2.96730.23231270.20612812100
2.9673-3.26590.22481490.20022807100
3.2659-3.73830.22151500.18112798100
3.7383-4.70920.12281290.14642811100
4.7092-48.7270.17621530.17622800100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.56233.65322.27831.88470.79941.45020.6539-0.54140.51310.3693-0.4976-0.39760.7810.6433-0.10770.9855-0.0765-0.08310.87950.01520.9747-39.2366-10.8558-2.7541
26.0625-0.42041.69493.787-0.40563.16580.2862-0.2601-0.3143-0.2073-0.06280.48250.318-0.5116-0.16290.3617-0.0572-0.09610.36630.07960.3823-15.3387.48644.8188
35.13670.63670.49648.2878-0.77375.54140.0592-1.36831.00271.435-0.12270.2592-0.6903-0.40640.04630.6469-0.0474-0.08290.8136-0.22540.61610.51717.788722.9973
45.29850.63622.0622.6677-0.93014.4150.1963-0.43710.24770.1025-0.05940.1279-0.0102-0.3287-0.11750.3557-0.0105-0.06470.39570.03160.3838-8.857510.59368.9926
54.29410.60422.43541.70950.06633.54680.02390.48910.4831-0.01170.02940.104-0.18370.4652-0.12540.4465-0.0302-0.01470.3761-0.07520.5164-2.403317.971211.0513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -11 through 3 )A-11 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 4 through 119 )A4 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 140 )A120 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 141 through 192 )A141 - 192
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 193 through 242 )A193 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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