PDB-6sbk: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sbk

タイトル

THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J13

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J13
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sbk.cif.gz	231.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sbk.ent.gz	153.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sbk_validation.pdf.gz	976.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sbk_full_validation.pdf.gz	976.6 KB	表示
XML形式データ	6sbk_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	6sbk_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sb9
類似構造データ	5onr-d 5m9w-d 5m5f-d 6yi6-d 5js3-d 5taj-d 4n4e-d 6d5t-d 4mxj-d 5dpf-d 5wr2-d 4n66-d 3t8d-d 5jt9-d 5mnr-d 3do1-d 5jss-d 6fj2-d 1pe5-d 5lif-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.561, 92.561, 129.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-708- HOH
2	1	E-728- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 8種, 282分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-47J / 1-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methanamine 分子量: 125.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-L4Z / (2,5-dimethylpyrazol-3-yl)methylcarbamic acid 分子量: 169.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→46.28 Å / Num. obs: 54619 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.81 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 20.24
反射シェル	解像度: 1.48→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 8612 / CC_1/2: 0.911 / R_sym value: 0.478 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.48→46.28 Å / SU ML: 0.1172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.6511

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1692	2731	5 %
R_work	0.1504	-	-
obs	0.1514	54619	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→46.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2414	0	50	270	2734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7503	3523
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0692	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0583	895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.51	0.2417	133	0.2033	2526	X-RAY DIFFRACTION	98.01
1.51-1.53	0.2118	131	0.1794	2507	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.53-1.56	0.1854	134	0.1677	2542	X-RAY DIFFRACTION	98.45
1.56-1.59	0.1876	133	0.1595	2523	X-RAY DIFFRACTION	98.55
1.59-1.63	0.1815	134	0.1522	2544	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.63-1.67	0.1878	134	0.1475	2539	X-RAY DIFFRACTION	98.82
1.67-1.71	0.1554	134	0.1497	2556	X-RAY DIFFRACTION	98.93
1.71-1.75	0.1417	134	0.1456	2538	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.75-1.81	0.164	135	0.1375	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.81-1.86	0.1633	135	0.1458	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.86-1.93	0.1571	136	0.1438	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.93-2.01	0.1952	136	0.141	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.01-2.1	0.1676	136	0.1381	2589	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.1-2.21	0.1498	137	0.1373	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.21-2.35	0.1538	137	0.1277	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.35-2.53	0.1307	138	0.1341	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.53-2.79	0.1594	140	0.1404	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-3.19	0.1741	140	0.1473	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.19-4.02	0.1671	142	0.152	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.02-46.28	0.1905	152	0.1786	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.332430300142	0.0959762023704	0.0436594225534	0.147388477373	-0.0468607632687	0.148532252787	0.081215276824	0.0577991670993	-0.0910688513712	0.0287086518277	-0.0262504621534	-0.0409058810806	-0.0265466914518	-0.00307191912655	0.189308388109	0.0222778907488	0.0227453636504	0.0194856954138	0.0518164397255	0.00594745963378	-0.0032531583485	24.8937557313	31.3519332275	2.98445943925
2	0.0178866668389	0.0109241096693	0.00918166372298	0.00954489044517	0.00148817386117	0.00447561739225	0.010049447314	0.0410612215726	0.0418680187658	-0.0318476252733	0.026023804038	-0.0196856087493	-0.0183988973615	-0.00718324141002	0.00737881051906	0.0999437519024	0.0188773193477	0.0133197250356	0.134174909808	-0.00744388322653	0.104619507475	12.884190832	35.1732332805	-4.3540065661
3	0.001293105116	-0.000663598078002	-0.00241817995881	0.013028551145	0.0127813309783	0.0113359266283	0.0224452265282	-0.0209172275173	-0.0320495835745	-0.0288614886961	-0.0260921974251	0.0496521855435	-0.0116526593899	-0.00864836857077	7.82817943383E-6	0.0734871455671	0.0144434370289	0.00495571608612	0.10885787086	0.0101474709582	0.0894914831893	6.10879591711	28.9771141168	-6.16730160012
4	0.0106238917558	-0.00026758837273	-0.00778398258628	0.0067058422671	0.00565626503276	0.00544272847904	0.0307279929886	-0.0489496914747	0.0294244019742	0.0216464751026	-0.0401028727356	0.00905259990698	-0.0366726428505	-0.0836000606215	-0.00152495791809	0.107361207218	0.0116946091575	0.0269154064332	0.183232475705	-0.0162403258864	0.1366874475	1.4952518872	35.2797477263	5.35267517934
5	0.00654640275238	0.00349724925984	0.0088435117167	0.0131668985247	0.0120983191719	0.0162517890374	-0.0608811853232	0.000113516142727	0.0163752360561	-0.0444172340408	-0.0127941443045	0.0367260274771	-0.111614270237	-0.0814350922992	-0.00486970728482	0.138264880913	0.0439508174733	-0.0199731941269	0.149288173114	-0.0099290542692	0.162228852124	-2.99052569566	40.5201891605	-12.0983917837
6	0.0354369285927	0.0122315181957	0.0344274679282	0.045671633999	0.00392519707852	0.0406793162571	0.0685306309429	-0.0211399109085	-0.149943182846	-0.0731284586518	-0.0405557313603	0.0950684524776	0.0670879752686	-0.129310342047	0.00479595886073	0.107984377265	-0.00256794966921	-0.00217827959356	0.156858555579	-0.00507738423796	0.165760782634	-1.29064061317	22.6135047423	-11.1824002755
7	0.0111271417485	-0.00205044559657	-0.00155536439219	0.00271740130236	-5.28757463962E-5	0.00185947840728	0.0454327361803	0.0120078000843	-0.0465673342812	0.0088075473393	-0.00603880855469	0.00515597898088	0.0158676666437	-0.122204694363	0.00795883320679	0.109497603312	-0.0313228416178	-0.0273722675935	0.176621718189	-0.0177561709148	0.224014657615	-8.52219683871	19.4975115751	-13.0452334956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resid 1 through 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid 123 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 159 through 180 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 181 through 211 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 212 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 233 through 296 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 297 through 316 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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