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- PDB-6sbi: X-ray structure of murine Fumarylacetoacetate hydrolase domain co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbi
タイトルX-ray structure of murine Fumarylacetoacetate hydrolase domain containing protein 1 (FAHD1) in complex with inhibitor oxalate
要素Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Oxalate binding / TCA cycle / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


acylpyruvate hydrolase / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate tautomerase / oxaloacetate tautomerase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate decarboxylase / Pyruvate metabolism / oxaloacetate decarboxylase activity / oxaloacetate metabolic process ...acylpyruvate hydrolase / fumarylpyruvate hydrolase activity / acylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate tautomerase / oxaloacetate tautomerase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate decarboxylase / Pyruvate metabolism / oxaloacetate decarboxylase activity / oxaloacetate metabolic process / pyruvate metabolic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXALATE ION / Oxaloacetate tautomerase FAHD1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rupp, B. / Naschberger, A. / Weiss, A.K.H.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
European Commission512020 オーストリア
Austrian Science FundP28395-B26 オーストリア
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2020
タイトル: Structural and functional comparison of fumarylacetoacetate domain containing protein 1 in human and mouse.
著者: Weiss, A.K.H. / Naschberger, A. / Cappuccio, E. / Metzger, C. / Mottes, L. / Holzknecht, M. / von Velsen, J. / Bowler, M.W. / Rupp, B. / Jansen-Durr, P.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
B: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
C: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
D: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,49923
ポリマ－117,6524
非ポリマー84719
水59433
1
A: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
B: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,26712
ポリマ－58,8262
非ポリマー44110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
2
C: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
D: Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,23211
ポリマ－58,8262
非ポリマー4069
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.603, 103.348, 86.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSERAA10 - 22548 - 263
21THRTHRSERSERBB10 - 22548 - 263
12PROPROARGARGAA12 - 22450 - 262
22PROPROARGARGCC12 - 22450 - 262
13THRTHRSERSERAA10 - 22548 - 263
23THRTHRSERSERDD10 - 22548 - 263
14PROPROARGARGBB12 - 22450 - 262
24PROPROARGARGCC12 - 22450 - 262
15THRTHRSERSERBB10 - 22548 - 263
25THRTHRSERSERDD10 - 22548 - 263
16PROPROARGARGCC12 - 22450 - 262
26PROPROARGARGDD12 - 22450 - 262

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acylpyruvase FAHD1, mitochondrial / Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 / Oxaloacetate decarboxylase / OAA decarboxylase


分子量: 29412.994 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fahd1, MNCb-4134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R0F8, acylpyruvate hydrolase, oxaloacetate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.05M MgCl2, 0.1M MES pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射モノクロメーター: Diamond C110 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.38 Å / Num. obs: 15791 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.43 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.71→2.97 Å / 冗長度: 3.32 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 790 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.351 / Rrim(I) all: 0.648 / % possible all: 51.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FOH

6foh


解像度: 2.7→44.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 39.706 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.505 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 756 4.8 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1893 15119 62.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.64 Å2 / Biso mean: 31.973 Å2 / Biso min: 1.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å2-0 Å20.24 Å2
2---1.66 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→44.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6704 0 39 33 6776
Biso mean--38.01 13.9 -
残基数----862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.6459328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1821.57515468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2115860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.40521.6300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.511151235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7741540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021361
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A67150.08
12B67150.08
21A67210.07
22C67210.07
31A67590.08
32D67590.08
41B66400.08
42C66400.08
51B67640.07
52D67640.07
61C66770.09
62D66770.09
LS精密化 シェル解像度: 2.704→2.774 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 3 -
Rwork0.29 38 -
all-41 -
obs--2.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5123-0.238-0.28670.12370.12550.90830.0360.0505-0.0891-0.01730.00780.0343-0.15540.0563-0.04370.0274-0.01690.01210.0921-0.0390.032217.2998-1.318331.3929
20.40910.18330.09460.25510.32070.6112-0.0258-0.0444-0.0201-0.0524-0.0252-0.0057-0.1043-0.12350.0510.01880.0282-0.01110.0821-0.0350.01890.00683.615751.4422
30.61420.181-0.01490.2573-0.49141.16780.0137-0.05330.0551-0.0456-0.05240.00220.12130.10550.03880.02010.01880.0030.05550.01750.022434.755-23.78168.1903
40.5228-0.42330.27140.3616-0.27560.68170.05020.02670.0464-0.05930.0164-0.02420.1445-0.0611-0.06660.0337-0.0283-0.01720.08360.02440.020517.4321-18.7053-11.8368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 225
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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