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- PDB-6sbc: Structure of type II terpene cyclase MstE from Scytonema in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbc
タイトルStructure of type II terpene cyclase MstE from Scytonema in complex with farnesyl dihydroxybenzoate
要素MstE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Type II Terpene Cyclase / Marine Drugs / Merosterol / Alpha6-Alpha6 Barrel
機能・相同性Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / farnesyl dihydroxybenzoate / MstE
機能・相同性情報
生物種Scytonema sp. PCC 10023 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Moosmann, P. / Ecker, F. / Leopold-Messer, S. / Cahn, J.K.B. / Groll, M. / Piel, J.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation205321_165695 スイス
Swiss National Science Foundation205320_185077 スイス
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: A monodomain class II terpene cyclase assembles complex isoprenoid scaffolds.
著者: Moosmann, P. / Ecker, F. / Leopold-Messer, S. / Cahn, J.K.B. / Dieterich, C.L. / Groll, M. / Piel, J.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MstE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1998
ポリマ－40,6521
非ポリマー5467
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.980, 77.420, 90.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MstE


分子量: 40652.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scytonema sp. PCC 10023 (バクテリア)
遺伝子: mstE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D1CM82
#2: 化合物 ChemComp-L4H / farnesyl dihydroxybenzoate / 3,4-ジヒドロキシ-5-[(2E,6E)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル]安息香酸


分子量: 358.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM HEPES, 4 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 72004 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.35→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 14057

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SBB

6sbb


解像度: 1.35→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 2.39 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1531 3598 5 %RANDOM
Rwork0.1154 ---
obs0.1173 68352 95.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.31 Å2 / Biso mean: 18.347 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.65 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 32 310 3100
Biso mean--25.73 35.15 -
残基数----352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0172558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.6393973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7831.585914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5085363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4922.323155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92615419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.011517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.6135457
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 268 -
Rwork0.244 5079 -
all-5347 -
obs--97.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.9338 Å / Origin y: -3.3327 Å / Origin z: -21.3532 Å
111213212223313233
T0.0001 Å2-0 Å20.0001 Å2-0.0124 Å20.0001 Å2--0.0165 Å2
L0.0109 °2-0.0006 °2-0.0023 °2-0.0081 °20.0028 °2--0.0061 °2
S0.0001 Å °0.0001 Å °-0.0003 Å °0.0008 Å °-0 Å °-0.0003 Å °0.0003 Å °0.0007 Å °-0.0001 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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