[日本語] English
万見
- PDB-6sbb: Structure of type II terpene cyclase MstE from Scytonema (apo) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbb
タイトルStructure of type II terpene cyclase MstE from Scytonema (apo)
要素MstE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Type II Terpene Cyclase / Marine Drugs / Merosterol / Alpha6-Alpha6 Barrel
機能・相同性Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MstE
機能・相同性情報
生物種Scytonema sp. PCC 10023 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Moosmann, P. / Ecker, F. / Leopold-Messer, S. / Cahn, J.K.B. / Groll, M. / Piel, J.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation205321_165695 スイス
Swiss National Science Foundation205320_185077 スイス
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2020
タイトル: A monodomain class II terpene cyclase assembles complex isoprenoid scaffolds.
著者: Moosmann, P. / Ecker, F. / Leopold-Messer, S. / Cahn, J.K.B. / Dieterich, C.L. / Groll, M. / Piel, J.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MstE
B: MstE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6955
ポリマ－81,3052
非ポリマー3903
水3,783210
1
A: MstE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0434
ポリマ－40,6521
非ポリマー3903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MstE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6521
ポリマ－40,6521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.460, 48.580, 77.990
Angle α, β, γ (deg.)89.040, 99.970, 101.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 MstE


分子量: 40652.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scytonema sp. PCC 10023 (バクテリア)
遺伝子: mstE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D1CM82
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM TRIS, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 46089 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5260 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2SQC

2sqc


解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 12.308 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.154
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 2304 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.1749 43775 92.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.56 Å2 / Biso mean: 43.701 Å2 / Biso min: 21.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.51 Å20.16 Å21.42 Å2
2---2.39 Å20.51 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5372 0 26 210 5608
Biso mean--59.41 50 -
残基数----687
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0241.9167591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893311334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9335684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04523.745267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53415794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0661534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.509310472
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.895128
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.272510403
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 169 -
Rwork0.347 3218 -
all-3387 -
obs--92.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06420.03970.00030.0371-0.00710.08970.0060.00430.00330.0106-0.0071-0.00020.0033-0.00380.00110.0157-0.00150.0140.00690.00450.01898.6778-16.16728.0369
20.04020.0241-0.02250.06360.02240.11320.00130.0032-0.00330.0030.00060.0065-0.00630.0051-0.00180.0091-0.00140.01140.01380.00320.0182.945-21.5717-13.0275
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 366

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る