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- PDB-6sba: Crystal Structure of mTEAD with a VGL4 Tertiary Structure Mimetic -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sba
タイトルCrystal Structure of mTEAD with a VGL4 Tertiary Structure Mimetic
要素
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
  • Vestigial like 4 (Drosophila), isoform CRA_a
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hippo pathway / protein-protein interaction / macrocyclic peptide / tertiary structure mimetic
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment ...RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of hippo signaling / embryo implantation / negative regulation of cell growth / protein-DNA complex / transcription coactivator binding / positive regulation of protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / TDU repeat / Short repeats in human TONDU, fly vestigial and other proteins. / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. ...Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / TDU repeat / Short repeats in human TONDU, fly vestigial and other proteins. / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Adihou, H. / Grossmann, T.N. / Waldmann, H. / Gasper, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council678623 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A protein tertiary structure mimetic modulator of the Hippo signalling pathway.
著者: Adihou, H. / Gopalakrishnan, R. / Forster, T. / Gueret, S.M. / Gasper, R. / Geschwindner, S. / Carrillo Garcia, C. / Karatas, H. / Pobbati, A.V. / Vazquez-Chantada, M. / Davey, P. / Wassvik, ...著者: Adihou, H. / Gopalakrishnan, R. / Forster, T. / Gueret, S.M. / Gasper, R. / Geschwindner, S. / Carrillo Garcia, C. / Karatas, H. / Pobbati, A.V. / Vazquez-Chantada, M. / Davey, P. / Wassvik, C.M. / Pang, J.K.S. / Soh, B.S. / Hong, W. / Chiarparin, E. / Schade, D. / Plowright, A.T. / Valeur, E. / Lemurell, M. / Grossmann, T.N. / Waldmann, H.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Vestigial like 4 (Drosophila), isoform CRA_a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7158
ポリマ－28,2102
非ポリマー5056
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 65.110, 74.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 26006.520 Da / 分子数: 1 / 断片: YAP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tead4, Tcf13r1, Tef3, Tefr1 / プラスミド: pOPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon+RIL / 参照: UniProt: Q62296
#2: タンパク質・ペプチド Vestigial like 4 (Drosophila), isoform CRA_a


分子量: 2203.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3TQI9, UniProt: Q80V24*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 15% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→49.142 Å / Num. obs: 67179 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13.296 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 11.96 / Num. measured all: 893245 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.3313.0433.0570.8562647499648030.4093.17996.1
1.33-1.3713.8732.441.1565440489247170.522.53196.4
1.37-1.4113.8081.9481.4663588478146050.5992.02296.3
1.41-1.4513.6621.5071.9660907460544580.7111.56596.8
1.45-1.513.5061.1652.6858858448643580.8581.2197.1
1.5-1.5512.9550.7734.1654852435042340.9360.80497.3
1.55-1.6112.4750.5715.3751097419640960.9530.59597.6
1.61-1.6814.0330.4277.5755332402739430.9780.44397.9
1.68-1.7514.1090.3319.4553644388038020.9850.34398
1.75-1.8413.8740.22712.4451238374236930.9920.23698.7
1.84-1.9413.6960.15816.3747442352034640.9940.16598.4
1.94-2.0613.1870.12319.6843727335933160.9950.12898.7
2.06-2.211.9950.122.0537616316631360.9950.10599.1
2.2-2.3713.0340.08825.3238216295429320.9970.09199.3
2.37-2.613.620.08427.4336978273327150.9970.08799.3
2.6-2.9113.2360.07829.532666247724680.9960.08299.6
2.91-3.3612.6050.07430.8227743220822010.9960.07799.7
3.36-4.1111.4010.0730.7621502189218860.9960.07399.7
4.11-5.8112.8280.0733.1718998148114810.9970.072100
5.81-49.14212.3470.07332.34107548748710.9950.07699.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å42.95 Å
Translation1.9 Å42.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS31-MAR-2018データ削減
XSCALE31-MAR-2018データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nl0

4nl0


解像度: 1.3→49.142 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1746 3359 5 %
Rwork0.1506 --
obs0.1518 67170 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.35 Å2 / Biso mean: 36.841 Å2 / Biso min: 14.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→49.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 72 134 2131
Biso mean--91.62 39.42 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0242136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0282893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.125308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.037825
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.3-1.31850.41481350.3396256896
1.3185-1.33820.35041370.3057259396
1.3382-1.35910.3061360.2735258396
1.3591-1.38140.31011350.2699258296
1.3814-1.40520.2991380.2492259197
1.4052-1.43080.26671350.2368258197
1.4308-1.45830.23961330.2259262197
1.4583-1.48810.26671450.2101261597
1.4881-1.52050.23731290.1759260297
1.5205-1.55580.21061380.1526262197
1.5558-1.59470.19871410.146262998
1.5947-1.63790.18451380.1357262698
1.6379-1.68610.15721390.1249264198
1.6861-1.74050.16941410.13266598
1.7405-1.80270.15961390.1265265598
1.8027-1.87490.171420.1295267699
1.8749-1.96020.13691380.1252266899
1.9602-2.06350.171460.1252268399
2.0635-2.19280.15961430.1243269599
2.1928-2.36210.15261410.1285272799
2.3621-2.59980.1521470.1452272699
2.5998-2.9760.20361420.15422766100
2.976-3.74920.17861470.15462786100
3.7492-49.1420.14861540.15112911100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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