PDB-6sb9: Thermolysin in complex with J28

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sb9

タイトル

Thermolysin in complex with J28

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE FRAGMENT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thermolysin in complex with J28
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sb9.cif.gz	243 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sb9.ent.gz	163.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sb9_validation.pdf.gz	639.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sb9_full_validation.pdf.gz	639 KB	表示
XML形式データ	6sb9_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	6sb9_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/6sb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3p7r-d 3msn-d 1lne-d 6yms-d 6sck-d 7tln-d 3n21-d 5wr6-d 4mwp-d 1l3f-d 3p7v-d 3p7w-d 5hqd-d 1kl6-d 1kro-d 3p7t-d 2a7g-d 3ms3-d 6qar-d 5uub-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.831, 92.831, 129.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-714- HOH
2	1	E-765- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 5種, 337分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-45X / 2-(pyridin-3-yl)ethanamine / 3-ピリジンエタンアミン分子量: 122.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→46.45 Å / Num. obs: 80826 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 12.14 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.18
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / Num. unique obs: 12774 / CC_1/2: 0.92 / R_sym value: 0.49 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.3→46.42 Å / SU ML: 0.0948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.4342

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1514	4042	5 %
R_work	0.1268	-	-
obs	0.1281	80820	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→46.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2410	0	34	326	2770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0062	2591
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9136	3538
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0782	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	477
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6931	896

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.2308	136	0.1713	2587	X-RAY DIFFRACTION	98.59
1.31-1.33	0.1721	135	0.1475	2563	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.33-1.35	0.1913	139	0.1349	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.35-1.37	0.1721	137	0.134	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.37-1.38	0.197	136	0.1274	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.38-1.4	0.1656	137	0.1257	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.4-1.43	0.1637	137	0.1198	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.43-1.45	0.1313	138	0.1198	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.45-1.47	0.1564	136	0.1131	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.47-1.5	0.1685	138	0.112	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.5-1.52	0.1426	137	0.1066	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.52-1.55	0.133	138	0.1074	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.55-1.58	0.1466	139	0.1018	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.58-1.62	0.1332	137	0.1009	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.62-1.66	0.1395	140	0.102	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.66-1.7	0.1263	138	0.1014	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.137	139	0.1062	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.1276	139	0.1014	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.1608	139	0.1092	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.92	0.1433	139	0.1068	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2	0.1384	140	0.1101	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.09	0.1226	140	0.1135	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.09-2.2	0.1206	140	0.1142	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.33	0.1402	141	0.1139	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.33-2.52	0.1443	142	0.1222	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.77	0.1491	141	0.1277	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.77-3.17	0.1605	144	0.1336	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.99	0.1444	145	0.1424	2766	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.99-46.42	0.1875	155	0.1668	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.39

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

-
非ポリマー , 5種, 337分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 E

-非ポリマー , 5種, 337分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

-
非ポリマー , 5種, 337分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)