PDB-6s9y: Crystal structure of the N-terminal domain of the wild type paras...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s9y

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of the wild type parasitic PEX14

要素

Peroxin 14

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PEX14 / PPI / PEX14/PEX5 / Trypanosomes / FBDD

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of the parasitic PEX14
著者: Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s9y.cif.gz	128.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s9y.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6s9y_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s9y_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	6s9y_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	6s9y_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hho-d 2rn5-d 5oml-4 4ou0-d 1awo-d 3i3c-2 1lph-1 3i3c-4 5l8a-1 1t1q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxin 14

B: Peroxin 14

C: Peroxin 14

D: Peroxin 14

ヘテロ分子

30.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peroxin 14

登録者が定義した集合体
7.57 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peroxin 14

登録者が定義した集合体
7.57 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Peroxin 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.67 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Peroxin 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.67 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.925, 81.268, 39.287
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	SER	SER	(chain 'A' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	A	A	5	5
1	2	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'A' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	A	A	8 - 20	8 - 20
1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'A' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	A	A	22 - 58	22 - 58
1	4	ILE	ILE	SER	SER	(chain 'A' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	A	A	61 - 66	61 - 66
2	5	SER	SER	SER	SER	(chain 'B' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	B	B	5	5
2	6	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'B' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	B	B	8 - 20	8 - 20
2	7	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'B' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	B	B	22 - 58	22 - 58
2	8	ILE	ILE	SER	SER	(chain 'B' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	B	B	61 - 66	61 - 66
3	9	SER	SER	SER	SER	(chain 'C' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	C	C	5	5
3	10	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'C' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	C	C	8 - 20	8 - 20
3	11	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	C	C	22 - 58	22 - 58
3	12	ILE	ILE	SER	SER	(chain 'C' and (resid 5 or (resid 6 and (name...	C	C	61 - 66	61 - 66
4	13	SER	SER	SER	SER	(chain 'D' and (resid 5 through 6 or resid 8...	D	D	5	5
4	14	GLU	GLU	ASP	ASP	(chain 'D' and (resid 5 through 6 or resid 8...	D	D	8 - 20	8 - 20
4	15	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'D' and (resid 5 through 6 or resid 8...	D	D	22 - 58	22 - 58
4	16	ILE	ILE	SER	SER	(chain 'D' and (resid 5 through 6 or resid 8...	D	D	61 - 66	61 - 66

#1: タンパク質	Peroxin 14 分子量: 7566.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IEW2
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.10 M trisodium citrate pH 5.5, 40% PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→40.63 Å / Num. obs: 28782 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.63 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / Num. unique obs: 3967 / CC_1/2: 0.862 / R_sym value: 0.374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→39.24 Å / SU ML: 0.1792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.3073

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	1438	5 %
R_work	0.1971	-	-
obs	0.1986	28758	96.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→39.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1866	0	14	88	1968

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	1925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7036	2588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0415	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3732	1210

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.64-1.7		0.2821	116		2201	78.2
1.7-1.77		0.2539	138	0.2248	2647	92.99
1.77-1.85		0.2796	147	0.2165	2793	99.59
1.85-1.94		0.2614	149	0.2013	2835	98.71
1.94-2.07		0.2396	147	0.1884	2788	98.79
2.07-2.23		0.2198	147	0.1793	2785	99.15
2.23-2.45		0.2186	149	0.1848	2836	98.48
2.45-2.8		0.2314	148	0.2014	2804	98.8
2.8-3.53		0.2302	147	0.2037	2795	98.49
	3.53	0.2065	150	0.192	2836	98.19

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0654918525863	0.0475547838292	-0.0706607530353	0.0522735197164	-0.0403733225054	0.0598550868596	0.0739371131651	0.042874750073	0.00325083088175	-0.219671516035	-0.0432334772571	-0.0504082019974	-0.116306796176	-0.126611881094	7.72274588779E-5	0.209175165359	0.00335304124725	-0.0294201325635	0.142251840785	0.0115980601795	0.153510179265	19.335465906	60.5489247208	-41.5430849761
2	0.00828003328674	-0.00512413521579	-0.0066225132351	0.00633549720393	-0.00380736346008	0.0100733175823	-0.00437781343202	0.00561289700882	-0.0733412850213	0.102191333246	0.0898671650526	-0.104795460278	0.0160492966296	0.030558097279	0.000288260572148	0.19307834253	-0.0605073349916	0.0683475561626	0.271167442873	-0.0877803616818	0.322377728402	25.6749232578	65.6061308477	-35.4350677517
3	0.204549191006	0.0765036188018	-0.126969926046	0.0314480186915	-0.0333569786191	0.160781585338	-0.0100312581423	-0.0486735844919	0.092655507491	-0.0791778825361	0.0898247777325	-0.051058834643	0.0165094478267	0.153169420767	0.0986983882878	0.221351049294	0.0393944808339	0.239460465475	0.230640936363	-0.0115709532113	0.362429354883	28.098641559	60.9948100971	-46.6722972141
4	0.0596636449668	-0.0724727476975	-0.038163699564	0.182502037666	0.0393774390237	0.0241659943996	-0.0942234588952	-0.0550317962099	-0.0950431819907	0.374106916506	-0.0208370773548	0.174275195592	0.236515526747	-0.12877056421	-0.0942334125529	0.617899001882	-0.0242444978609	0.513690475824	0.137721804641	-0.204317044194	0.355590923736	-4.52091728875	62.811433227	-13.7136517505
5	0.260578236252	0.0911988148849	-0.129215329702	0.274985326179	0.103295235152	0.102821435569	-0.0543000954133	0.0731475451688	-0.0334082078063	0.522517530188	-0.0149892259222	0.201050948786	0.0683654693093	-0.0148706057831	-0.0110567054813	0.219129832332	0.0043731749201	-0.0163173267221	0.121567943237	-0.00829487974938	0.191500429761	0.619560110552	64.9149578541	-19.1689859855
6	0.0419011422441	-0.0103047376132	-0.0031998688907	0.00910810183786	0.00370898494908	0.00295695176018	0.0280912882303	0.0580324763994	0.0342492626891	-0.117500023844	0.0387173086996	0.108793046848	-0.0979169119031	-0.0415234244698	0.000326631267171	0.212495855751	-0.0362941713752	0.0164445397725	0.269367377538	-0.0267504759934	0.308425768875	0.121589173529	58.1090482983	-26.1535327588
7	0.0132126757723	0.00119013491909	-0.0175504355497	0.0149884733855	-0.00786900976712	0.0203409359286	0.026613243285	0.0771182117263	0.0598012525376	-0.0159529447231	0.0274572711499	-0.0440300199271	-0.0263249794564	0.0351533508701	0.0147659046014	0.211867010545	0.0288980476583	0.0730332006446	0.230947835944	0.0293670297238	0.254268778633	10.2100366108	62.5919148188	-26.0334902284
8	0.0940999491732	0.0624416572274	0.000404348909045	0.170032805776	0.0149281988074	0.015523931595	-0.139840452153	-0.00255403676904	0.133270816343	0.130877963946	0.000753883476408	0.0376818023505	-0.0230244432076	0.207706987919	-0.0129729514075	0.133879929805	0.0104707486827	-0.0126508083181	0.13779144837	0.00619126024629	0.0916868810725	9.74020827047	80.5347185728	-18.3466370225
9	0.0131924414116	5.78535701231E-5	0.000784056809249	0.0047676561132	-0.00982314864876	0.00684162712919	0.00239625725098	-0.164935192502	0.0891122945788	0.132478275319	0.14380294921	-0.0084088110058	-0.0660507195354	-0.0514445814041	3.06527042955E-5	0.183508846908	0.0397430698569	-0.0140438350595	0.199179736502	-0.0198614948814	0.162831322146	0.019259110577	91.0887746957	-11.4380730325
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 28 through 51 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 52 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 58 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 9 through 19 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 20 through 52 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 53 through 57 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 58 through 66 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 5 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 20 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 28 through 37 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 38 through 51 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 52 through 57 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 58 through 66 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 4 through 27 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 28 through 37 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 38 through 51 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 52 through 57 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 58 through 66 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 5 through 27 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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