PDB-6s98: Crystal structure of the catalytic domain of UBE2S WT.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s98

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of UBE2S WT.

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S

キーワード

TRANSFERASE / human E2 / catalytic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

protein K27-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / protein K29-linked ubiquitination / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Liess, A.K.L. / Lorenz, S.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2020
タイトル: Dimerization regulates the human APC/C-associated ubiquitin-conjugating enzyme UBE2S.
著者: Liess, A.K.L. / Kucerova, A. / Schweimer, K. / Schlesinger, D. / Dybkov, O. / Urlaub, H. / Mansfeld, J. / Lorenz, S.

履歴

登録	2019年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s98.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s98.ent.gz	153.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s98_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s98_full_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示
XML形式データ	6s98_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6s98_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s96C 1zdnS 6qh3 6qhk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s96-d 4pei-5 6f2a-3 5k71-5 6f2a-4 1zdn-d 4pef-2 5k73-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (13) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (13)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (13)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S

ヘテロ分子

35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.812, 49.050, 71.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.031, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 S / E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme S / E2-EPF / Ubiquitin carrier protein S / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-EPF5 / Ubiquitin-protein ligase S 分子量: 17436.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2S, E2EPF, OK/SW-cl.73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16763, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium-acetate-trihydrate; 0.1 M Tris; 30% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.968 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→42.15 Å / Num. obs: 43484 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.76 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.02539 / R_pim(I) all: 0.02539 / R_rim(I) all: 0.03591 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.55→1.605 Å / R_merge(I) obs: 0.4299 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 4292 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.4299 / R_rim(I) all: 0.608 / % possible all: 98.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZDN

1zdn

解像度: 1.55→42.15 Å / SU ML: 0.1518 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8522

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1839	2091	4.81 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1626	43482	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2341	0	19	171	2531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0133	2431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3407	3314
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0099	430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9618	1470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.2917	116	0.2679	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.59-1.63	0.2651	140	0.2398	2723	X-RAY DIFFRACTION	98.86
1.63-1.67	0.2453	122	0.2132	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.67-1.72	0.1893	126	0.1958	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.72-1.77	0.2346	113	0.1959	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.77-1.84	0.2193	134	0.1832	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.84-1.91	0.1832	132	0.1774	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.91-2	0.2066	127	0.1697	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2-2.1	0.1908	152	0.1551	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.1-2.24	0.1769	146	0.1507	2778	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.24-2.41	0.2047	140	0.1486	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.41-2.65	0.1891	132	0.1521	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.65-3.03	0.1721	172	0.1602	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.03-3.82	0.176	180	0.1469	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.82-42.15	0.1586	159	0.149	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.9958225752	2.03016739358	-0.745858374845	4.31564452996	2.08227696885	6.39141296505	-0.305286495308	0.718000242997	-0.717266489279	-0.52419896446	0.00176669732912	-0.357811185048	1.32293281071	-0.212812399433	0.308953678708	0.569693541185	-0.0540997814391	0.107603031488	0.252361404403	-0.00398140952665	0.45522191068	-3.52772905923	-9.43609801236	-23.63369083
2	2.30202110812	0.090556781505	-1.21351338041	2.44263375756	1.08643051045	3.07167209019	0.0312352074652	0.101703112887	-0.119027415279	0.0381248784292	-0.0705948594183	0.0601277830225	0.187792994024	-0.225424601465	0.0409454123267	0.106650814045	-0.00203779101579	-0.0120572873072	0.171631060769	0.00449687001284	0.159066778614	-7.1635767334	6.03804628448	-19.0338996102
3	8.89783419811	5.19066336048	-2.65659526828	6.75152312464	0.200113513761	7.88940480084	-0.00797830394477	0.128444755467	0.393687084911	-0.131973439828	-0.088958069408	-0.00139955556759	-0.32878474021	-0.200125551234	0.0729663097944	0.0880287497289	-0.0105540406492	-0.0120686625031	0.137240757465	-0.0385653342481	0.103986271421	4.0546235924	6.14988972102	-29.2867508246
4	3.29620221975	1.21297803937	-1.43246254519	1.34864205643	-0.475162458309	2.99862781073	0.308583958485	-0.035881065906	0.689818843606	0.0929517358465	-0.0181257548036	0.0963135111665	-0.557601672169	-0.157230372907	-0.195815367653	0.185581850247	0.0274618766924	0.0373778718103	0.13703601454	-0.00414616033363	0.21968642607	-3.15351695418	19.2443686521	-17.2577883467
5	4.8444646503	-0.698832767028	1.24175941802	7.72482717551	5.0194446152	6.50417602973	-0.309850361926	-0.534270883229	0.39726673758	0.72889918652	0.456223356575	-0.14985714118	0.789101705052	0.191532964227	-0.198221472876	0.375292687871	0.135087107533	0.0241037291566	0.431507430242	0.0497951356868	0.220824297718	14.9008188669	10.768349497	6.9220958613
6	5.89509338455	1.91219249418	-5.83815255895	6.9812774634	-0.897591243814	7.85347502938	-0.109676113315	-1.04741295113	-1.03774625064	0.204852067391	0.108193410322	-0.213976698976	1.44889156788	-0.38566466038	0.0945439378078	0.34433437521	-0.0598914567785	-6.01576909958E-6	0.365814674531	0.132020880794	0.244810261456	13.9933055062	2.15084092435	-6.61740563497
7	2.77432394714	0.697240047645	1.92642313586	3.29114021612	2.08407852884	4.97776260201	0.0952929551299	-0.552214050281	-0.171357685946	0.439338470483	0.0675662147357	-0.215153386381	0.550578562582	-0.0127681688579	-0.203478576598	0.105824656229	0.0275130149884	-0.00829690751498	0.240217768171	0.0338800723269	0.161633570439	18.5574348854	7.70667344522	-10.1247784518
8	1.30281731177	1.35469180042	0.956513544827	7.96673316717	6.60174153318	5.42650629714	-0.0356609322335	-0.410060738346	-0.22888092091	0.564435860703	0.231349419863	-0.0677746294664	0.404304973588	0.231390550253	-0.391034986479	0.191400177507	0.0480071343354	-0.0189815727475	0.270122175288	0.0293472956192	0.218578820957	21.4006281251	10.6667143656	-10.3502701048
9	3.01374197548	-0.593333152906	-1.37846398275	1.82411729079	1.31666575278	7.40164290519	-0.0597531102115	-0.550743161653	0.450072925884	0.239725029417	0.192353149419	-0.0930722344334	-0.343145520859	0.267779354361	-0.232924370603	0.154382213714	-0.000673034681785	-0.0155068964187	0.219054412915	-0.0630090569456	0.200175980365	18.4743778337	18.4671129981	-7.31718956562
10	5.42344720681	-4.83890724697	2.16280622848	5.01665946217	-2.26197929453	8.3215816222	-0.251298160042	-0.175456376775	0.557583939482	0.258064171652	-0.0492675397194	-0.215454878432	-0.319587563425	0.111426313014	0.158493160483	0.128409659805	-0.042859373465	0.0131983825654	0.118271386191	0.0178206474562	0.169845691168	19.5257866039	20.1326053774	-17.4814932569
11	4.00941468301	-2.75616379285	4.14025973199	6.39123723543	-1.01119802955	5.09143903051	-0.185197645498	-0.116551275772	-0.0250365527475	-0.0314257903076	0.469902677304	-0.0788908756467	-0.415566037876	-0.124028629232	-0.236470178929	0.236880730962	0.0226893496901	0.00503257196003	0.310139830681	-0.0449436129773	0.211576150216	7.32637055986	21.4634340232	-5.94561928534
12	4.80375514898	-1.23283436289	2.50087580507	3.31213700927	0.216029339616	7.73915523045	-0.0944725575708	-0.563263194775	-0.146998980822	0.261680743767	0.105333196564	-0.000594539642862	0.11482417499	-0.156535056457	0.0199887526917	0.0865321315404	-0.00153241293081	0.0067618886384	0.151096436869	0.0238245931263	0.132792917242	9.85322108038	11.6801726983	-10.8641802382
13	3.09083481045	-0.854203612456	0.171216352744	1.53957978486	-0.4828143398	3.26969572783	0.0345758235005	0.175271969948	0.193060603785	-0.104504038142	-0.0155971633793	-0.0851764437972	-0.190143332469	0.169252223345	-0.037234211059	0.104246518843	-0.0437682821748	0.0146424082859	0.101115021083	0.02506014392	0.132140655914	16.2601890811	16.4900141636	-27.535343717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 156 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 25 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 26 through 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 35 through 58 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 59 through 65 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 66 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 85 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 108 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 109 through 121 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 122 through 156 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)