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- PDB-6s8t: Structure of the ICAM-1-binding PfEMP1 IT4var13 DBLbeta domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8t
タイトルStructure of the ICAM-1-binding PfEMP1 IT4var13 DBLbeta domain
要素Erythrocyte membrane protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / PfEMP1 / malaria / cytoadhesion / ICAM-1
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily ...: / PfEMP1 protein, CIDRalpha1 domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein-1, N-terminal segment / N-terminal segments of PfEMP1 / Cysteine-rich interdomain region 1 gamma / Cysteine-Rich Interdomain Region 1 gamma / Duffy-binding-like domain, C-terminal subdomain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Lennartz, F. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural insights into diverse modes of ICAM-1 binding byPlasmodium falciparum-infected erythrocytes.
著者: Lennartz, F. / Smith, C. / Craig, A.G. / Higgins, M.K.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8391
ポリマ－53,8391
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.302, 43.451, 87.129
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein 1


分子量: 53839.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0A3B3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate 0.1M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→46.7272 Å / Num. obs: 26322 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 4.34 % / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.21 Å / Num. unique obs: 1229

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→46.7272 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 1309 5.01 %
Rwork0.1996 --
obs0.201 26133 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 190.35 Å2 / Biso mean: 62.4972 Å2 / Biso min: 20.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→46.7272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3581 0 0 122 3703
Biso mean---48.81 -
残基数----442
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.17-2.25530.35371300.2981260395
2.2553-2.35790.31371440.2781272999
2.3579-2.48220.31511530.2576272999
2.4822-2.63770.29561690.23582722100
2.6377-2.84140.26621310.23712783100
2.8414-3.12730.24611360.22282798100
3.1273-3.57960.24771400.20032781100
3.5796-4.50940.17771490.1632801100
4.5094-46.7160.19291570.16992878100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5958-0.08072.09342.32690.63384.2846-0.07960.0341-0.52890.09330.3009-0.21930.54940.5647-0.13260.37280.0790.04690.3102-0.01030.4768-10.8031-5.0675106.83
23.7022-0.90270.90451.7274-0.60462.8154-0.3745-1.37420.1720.84370.5015-0.0393-0.14380.0763-0.02650.71850.22290.05890.8769-0.08220.3656-20.25647.8395124.3672
35.2056-1.33580.64173.13860.30361.8881-0.0327-0.57230.89170.19210.2904-0.5621-0.19760.67560.10790.38790.06990.03090.5003-0.13890.4088-12.938312.926115.6375
45.0275-0.2327-0.17992.4661-0.21813.1704-0.1804-0.5406-0.25990.26520.3279-0.04580.20720.0819-0.10020.3560.1306-0.00670.33690.02620.2677-15.66850.7667112.8184
54.0893-1.7906-0.69722.75490.2382.2521-0.0551-0.44950.13410.13170.19450.6019-0.3119-0.6367-0.15730.36960.06810.02810.43950.02170.51-41.828417.1788104.757
62.33810.27551.21048.54970.01477.09680.0808-0.16520.3452-0.5899-0.334-0.856-0.17150.59980.12120.36180.05040.09160.27160.02060.3885-14.57979.452389.5943
79.1532-4.9421-3.29736.35912.7424.04260.17650.7131-0.0355-0.2161-0.31990.7385-0.521-1.21740.08770.49650.081-0.09070.57030.03440.5228-39.721811.599494.1132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 733 through 793 )A733 - 793
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 794 through 831 )A794 - 831
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 832 through 870 )A832 - 870
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 871 through 1026 )A871 - 1026
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1027 through 1106 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1107 through 1136 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1137 through 1202 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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