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- PDB-6s8c: Post-fusion conformation of the envelope protein of tick-borne en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8c
タイトルPost-fusion conformation of the envelope protein of tick-borne encephalitis virus with longer stem
要素Genome polyprotein,Genome polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / MEMBRANE FUSION / STEM / VIRUS/VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C ...: / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Vaney, M.C. / Rouvinski, A. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-ISV8-0002-01 フランス
引用
ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2020
タイトル: Extensive flavivirus E trimer breathing accompanies stem zippering of the post-fusion hairpin.
著者: Medits, I. / Vaney, M.C. / Rouvinski, A. / Rey, M. / Chamot-Rooke, J. / Rey, F.A. / Heinz, F.X. / Stiasny, K.
#1: ジャーナル: EMBO J. / 年: 2004
タイトル: Structure of a flavivirus envelope glycoprotein in its low-pH-induced membrane fusion conformation.
著者: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A.
履歴
登録2019年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein,Genome polyprotein
B: Genome polyprotein,Genome polyprotein
C: Genome polyprotein,Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,8183
ポリマ－146,8183
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area41410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.435, 169.435, 123.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein,Genome polyprotein


分子量: 48939.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (WESTERN SUBTYPE) (ウイルス), (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
Variant: Neudoerfl / プラスミド: PT389 / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14336, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 19% isopropanol, 100mM tris-sodium citrate pH 5.6, 19% PEG 4000, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月24日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→48.91 Å / Num. obs: 41959 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 70.83 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 147146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.57-2.671.1671517443560.290.7311.3821.197.5
9.61-48.910.03727647930.9970.0230.04426.298.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.86 Å48.91 Å
Translation7.86 Å48.91 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.28データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1URZ

1urz


解像度: 2.57→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.356 / SU Rfree Blow DPI: 0.23 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2028 4.84 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 41941 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.15 Å2 / Biso mean: 63.69 Å2 / Biso min: 24.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9176 Å20 Å20 Å2
2--0.9176 Å20 Å2
3----1.8352 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7755 0 0 78 7833
Biso mean---44.86 -
残基数----1019
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3605SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1140HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7926HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1066SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8005SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7926HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10764HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.99
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 139 4.61 %
Rwork0.2286 2875 -
all0.2307 3014 -
obs--97.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20230.1321-2.19280.8795-0.00683.58560.15150.61030.5119-0.3706-0.1111-0.3329-0.45270.2105-0.0404-0.15680.02710.0434-0.14350.1022-0.1092-43.101178.0658-73.3319
21.88130.71290.63891.752-0.32182.5851-0.0393-0.29950.30420.2559-0.16250.149-0.5279-0.17420.2018-0.18530.0062-0.0104-0.3363-0.1015-0.2946-58.9692181.9339-40.724
30.8841-0.51040.2786-0.88411.226800.0345-0.1008-0.02260.0530.09480.1445-0.0295-0.2158-0.1294-0.01890.2275-0.05560.0694-0.2076-0.0745-68.9248188.3508-32.0045
45.7991-0.5817-1.21092.2444-3.72351.0692-0.11420.046-0.0198-0.00440.1124-0.1410.2416-0.05590.00180.10040.07210.1850.3681-0.01650.1024-68.4614184.1808-19.3997
53.9522-0.2383-1.01831.12210.07342.5612-0.04290.11520.55970.20870.0786-0.3053-0.25520.4811-0.0357-0.1719-0.1629-0.15390.07990.08660.304-28.0256176.8034-52.7851
61.6878-0.5742-0.71311.4277-0.02944.03960.17620.3406-0.3101-0.3824-0.22170.07540.27980.02570.0455-0.13810.0876-0.0507-0.2581-0.1081-0.1754-53.5584157.2365-77.5716
71.5475-0.8773-0.3961.15751.11942.57160.02070.0445-0.12-0.0162-0.12590.26820.1376-0.5490.1052-0.2695-0.0843-0.0158-0.1154-0.0381-0.1765-73.1772161.8329-47.2354
81.29470.35011.8096-0.0273-0.74050-0.08340.09410.04570.0630.0166-0.0058-0.05760.220.0667-0.2175-0.22540.14840.2175-0.08980.0946-82.4535156.3583-37.3212
98.5667-2.18042.86344.36310.86132.3394-0.1049-0.22040.19920.26420.56710.7435-0.6251-0.0057-0.4622-0.0937-0.07760.1060.3469-0.11430.0278-90.327167.7612-23.1457
101.4614-0.8591-0.14931.5768-0.73763.46290.20550.2654-0.0152-0.2277-0.24350.07130.0609-0.27070.0381-0.21640.0942-0.0898-0.2244-0.0363-0.1943-66.4028179.0509-75.1151
111.7758-0.9416-0.42322.42111.25513.60610.07670.242-0.0939-0.1007-0.0742-0.68270.17120.6326-0.0026-0.30750.07950.0175-0.11980.0298-0.013-33.1173157.6436-65.8038
121.93970.4605-1.44821.68680.33623.27390.0425-0.2476-0.07040.444-0.0967-0.13450.390.25530.0541-0.16340.0059-0.099-0.26870.0309-0.304-51.6881158.3071-34.4763
13-0.57160.6765-0.66972.2404-0.81410.4453-0.09010.1710.1581-0.1160.1942-0.27070.0835-0.0596-0.10420.3746-0.04080.05560.23330.2076-0.304-51.5459160.0139-19.8638
149.02651.6788-1.06530.3667-3.975700.0214-0.12350.06280.1386-0.0960.6647-0.1986-0.74310.07460.2273-0.19620.20270.1029-0.04720.1409-65.2233156.9138-12.9378
151.8994-0.5046-1.27982.24712.06764.37570.12610.0676-0.33780.2489-0.1484-0.13520.6332-0.00830.0223-0.05960.03120.0004-0.3494-0.0616-0.0132-50.4341139.325-61.8374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1:51 138:191 285:302}0
2X-RAY DIFFRACTION2{A|52:62 122:137 192:241 257:284}0
3X-RAY DIFFRACTION3{A|63:121}0
4X-RAY DIFFRACTION4{A|242:256}0
5X-RAY DIFFRACTION5{A|303:403}0
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1:51 138:191 285:302}0
7X-RAY DIFFRACTION7{B|52:62 122:137 192:241 257:284}0
8X-RAY DIFFRACTION8{B|63:121}0
9X-RAY DIFFRACTION9{B|242:256}0
10X-RAY DIFFRACTION10{B|303:403}0
11X-RAY DIFFRACTION11{C|1:51 138:191 285:302}0
12X-RAY DIFFRACTION12{C|52:62 122:137 192:241 257:284}0
13X-RAY DIFFRACTION13{C|63:121}0
14X-RAY DIFFRACTION14{C|242:256}0
15X-RAY DIFFRACTION15{C|303:403}0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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