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- PDB-6s87: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase (PrpC) from Pseudom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s87
タイトルCrystal structure of 2-methylcitrate synthase (PrpC) from Pseudomonas aeruginosa in complex with oxaloacetate.
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / 2-methlycitrate synthase / PrpC / propionate metabolism / methylcitrate cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylcitrate synthase activity / propionate metabolic process, methylcitrate cycle / citrate synthase activity / tricarboxylic acid cycle heteromeric enzyme complex / citrate (Si)-synthase activity / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
2-methylcitrate synthase/citrate synthase type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALOACETATE ION / Citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Wijaya, A.J. / Brear, P. / Dolan, S.K. / Welch, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M019411/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R005435/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 2-methylcitrate synthase (PrpC) from Pseudomonas aeruginosa in complex with oxaloacetate.
著者: Wijaya, A.J. / Brear, P. / Dolan, S.K. / Welch, M.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
C: Citrate synthase
D: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,65011
ポリマ－166,9664
非ポリマー6847
水6,323351
1
A: Citrate synthase
B: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7595
ポリマ－83,4832
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: Citrate synthase
D: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8906
ポリマ－83,4832
非ポリマー4074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.640, 86.760, 161.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Citrate synthase


分子量: 41741.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: prpC, PA0795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5E3
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 15-25% PEG3350, 40 mM D-Xylose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→27.23 Å / Num. obs: 170245 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 31.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.694.31.3621.1125370.5780.7471.55799.9
7.38-27.224.20.02191610.0110.02396.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S6F

6s6f


解像度: 1.65→27.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.86 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 4622 2.7 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.1978 165599 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.5 Å2 / Biso mean: 29.591 Å2 / Biso min: 14.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0 Å20.66 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→27.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11279 0 45 352 11676
Biso mean--37.78 32.56 -
残基数----1431
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 362 -
Rwork0.355 12166 -
all-12528 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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