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- PDB-6s7d: Self-complementary duplex DNA containing an internucleoside phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7d
タイトルSelf-complementary duplex DNA containing an internucleoside phosphoroselenolate
要素DNA (5'-D(*GP*(XCI)P*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')
キーワードDNA / Modified Phasing Duplex Phosphoroselenolate
機能・相同性: / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Conlon, P.F. / Steinhogl, J. / Vyle, J.S. / Hall, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/C00776X/1 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: Solid-phase synthesis and structural characterisation of phosphoroselenolate-modified DNA: a backbone analogue which does not impose conformational bias and facilitates SAD X-ray crystallography.
著者: Conlon, P.F. / Eguaogie, O. / Wilson, J.J. / Sweet, J.S.T. / Steinhoegl, J. / Englert, K. / Hancox, O.G.A. / Law, C.J. / Allman, S.A. / Tucker, J.H.R. / Hall, J.P. / Vyle, J.S.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*(XCI)P*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*(XCI)P*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7448
ポリマ－6,1862
非ポリマー5586
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area3450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.642, 38.642, 79.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*(XCI)P*CP*CP*CP*GP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3092.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: The crystallization solution contained 1 uL of 2 mM oligonucleotide and 6 uL of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40 mM Na-cacodylate pH 6, 12 mM Spermine tetra-HCl, ...詳細: The crystallization solution contained 1 uL of 2 mM oligonucleotide and 6 uL of a solution containing 10% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40 mM Na-cacodylate pH 6, 12 mM Spermine tetra-HCl, 80 mM NaCl and 20 mM BaCl2. This was equilibrated against 100 uL of 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol. Crystals grew in approximately 1-2 weeks and were grown using the sitting-drop method at 291 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9596 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射モノクロメーター: Dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9596 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→25.57 Å / Num. obs: 12548 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 625 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 0.674 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データスケーリング
DIALSデータ削減
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→25.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3.79 / 位相誤差: 25.2935
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2366 579 4.62 %
Rwork0.1849 --
obs0.1919 12530 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 19 60 483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9357698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1052197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.590.33321230.27292953X-RAY DIFFRACTION95.01
1.59-1.820.25181330.2342930X-RAY DIFFRACTION94.52
1.82-2.280.26691660.2152932X-RAY DIFFRACTION93.47
2.28-7.410.21451490.16133033X-RAY DIFFRACTION92.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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