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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s6q | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the LRR ectodomain of the plant membrane receptor kinase GASSHO1/SCHENGEN3 from Arabidopsis thaliana in complex with CASPARIAN STRIP INTEGRITY FACTOR 2. | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / membrane receptor kinase / leucine-rich repeat domain / peptide hormone identification / Casparian strip / root development / receptor activation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 specification of plant organ axis polarity / regulation of endodermal cell differentiation / : / Casparian strip / regulation of root morphogenesis / regulation of root development / pollen tube growth / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / monoatomic ion homeostasis / : ...specification of plant organ axis polarity / regulation of endodermal cell differentiation / : / Casparian strip / regulation of root morphogenesis / regulation of root development / pollen tube growth / protein serine/threonine kinase activity => GO:0004674 / monoatomic ion homeostasis / : / water transport / multicellular organism development / regulation of cell fate specification / potassium ion homeostasis / response to acidic pH / response to iron ion / regulation of cell division / endodermal cell differentiation / establishment of protein localization / hormone activity / cell wall organization / response to wounding / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Okuda, S. / Moretti, A. / Hothorn, M. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Molecular mechanism for the recognition of sequence-divergent CIF peptides by the plant receptor kinases GSO1/SGN3 and GSO2. 著者: Okuda, S. / Fujita, S. / Moretti, A. / Hohmann, U. / Doblas, V.G. / Ma, Y. / Pfister, A. / Brandt, B. / Geldner, N. / Hothorn, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s6q.cif.gz | 694.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s6q.ent.gz | 572.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s6q_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s6q_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6s6q_validation.xml.gz | 65.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s6q_validation.cif.gz | 87.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 94177.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 組織: root / 遺伝子: GSO1, SGN3, At4g20140, F1C12.60 / プラスミド: pBB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Ao38 参照: UniProt: C0LGQ5, non-specific serine/threonine protein kinase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2475.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: O65684 |
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-糖 , 4種, 27分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 17 % [w/v] PEG 6,000, 0.1 M Tris pH 7.5, 0.2 M LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000006 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000006 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→48.3 Å / Num. obs: 59526 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 41 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.237 / Rsym value: 0.234 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 40 % / Num. unique obs: 4336 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 4.54 / Rsym value: 4.49 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GR8 解像度: 2.95→48.3 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 103.56 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.3 Å
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