PDB-6s5v: Crystal structure of the Cap-Midlink region of the H5N1 Influenza...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s5v

タイトル

Crystal structure of the Cap-Midlink region of the H5N1 Influenza A virus polymerase in complex with a Cap-domain binding analogue

要素

Polymerase basic protein 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / Influenza A / H5N1 / Influenza polymerase / Cap binding analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Fodor, E. / Grimes, J.M.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel Indoles Targeting the Influenza PB2 Cap Binding Region.
著者: McGowan, D.C. / Balemans, W. / Embrechts, W. / Motte, M. / Keown, J.R. / Buyck, C. / Corbera, J. / Funes, M. / Moreno, L. / Cooymans, L. / Tahri, A. / Eymard, J. / Stoops, B. / Strijbos, R. / ...

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s5v.cif.gz	431 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s5v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s5v_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s5v_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6s5v_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6s5v_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s5v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAAA: Polymerase basic protein 2

ABAA: Polymerase basic protein 2

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAAA: Polymerase basic protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

ABAA: Polymerase basic protein 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.703, 105.703, 140.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAAA-805- HOH
2	1	AAAA-890- HOH
3	1	ABAA-865- HOH
4	1	ABAA-904- HOH

#1: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 34249.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/duck/Fujian/13/2002(H5N1) / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E3N3
#2: 化合物	ChemComp-KWN / (1~{S},2~{S},3~{S},6~{R})-2-[[2-[5,7-bis(fluoranyl)-1~{H}-indol-3-yl]-5-fluoranyl-pyrimidin-4-yl]amino]-3,6-dimethyl-cyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 418.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁F₃N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 10 % PEG 3000, 0.2 M NaCl, and K-citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→84.5 Å / Num. obs: 173842 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 18.24 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.017 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 16.91
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 17177 / CC_1/2: 0.52 / R_pim(I) all: 0.63 / R_rim(I) all: 0.83 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→84.5 Å / SU ML: 0.147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.352

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1648	8936	5.14 %
R_work	0.1478	-	-
obs	0.1487	173785	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→84.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4303	0	109	421	4833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0685	6333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1986	733
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	817
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.7522	1817

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.3242	290	0.3224	5428	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.37-1.38	0.3045	264	0.3011	5439	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.38-1.4	0.2893	295	0.2705	5460	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.4-1.42	0.2733	270	0.2451	5439	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.42-1.43	0.2575	307	0.2111	5426	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2139	282	0.191	5457	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.45-1.48	0.2083	299	0.1706	5412	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.48-1.5	0.2026	311	0.1528	5413	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.5-1.52	0.1643	284	0.1376	5481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.1394	281	0.1285	5456	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.55-1.57	0.1535	309	0.1258	5443	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.57-1.6	0.1581	275	0.1238	5467	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.6-1.63	0.1473	259	0.1216	5483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.1505	314	0.122	5427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.1551	308	0.1241	5463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1426	306	0.1153	5486	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.74-1.78	0.1409	311	0.1138	5417	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.78-1.83	0.1484	282	0.1125	5508	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.83-1.89	0.1355	317	0.1154	5455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.95	0.15	299	0.1201	5460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.02	0.1379	277	0.1206	5536	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.02-2.1	0.1424	281	0.1248	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.19	0.1429	331	0.1206	5468	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.19-2.31	0.1424	327	0.1238	5512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.45	0.1539	297	0.1313	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.64	0.1548	301	0.1381	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.91	0.1597	295	0.1494	5562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.33	0.1741	323	0.1582	5609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-4.19	0.1596	319	0.1511	5654	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.19-84.5	0.1946	322	0.1869	5899	X-RAY DIFFRACTION	99.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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