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- PDB-6s5i: Structure of the Lausanne variant of myxoma virus M062 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s5i
タイトルStructure of the Lausanne variant of myxoma virus M062 protein
要素M62R
キーワードVIRAL PROTEIN / myxoma virus / M062 / SAMD9 / C7L superfamily / host-range factor / innate immunity / viral antagonism
機能・相同性Poxvirus C7/F8A / Poxvirus C7/F8A protein / viral process / NICKEL (II) ION / M062R
機能・相同性情報
生物種Myxoma virus (ミクソーマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者O'Byrne, P. / Khan, A.R.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号
Science Foundation IrelandSFI 12/1A/1239 アイルランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the Lausanne variant of myxoma virus M062 protein
著者: O'Byrne, P. / Khan, A.R.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M62R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7092
ポリマ-18,6501
非ポリマー591
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.827, 94.827, 44.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 M62R


分子量: 18650.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxoma virus (ミクソーマウイルス)
遺伝子: m062R, m062R, MYXV_gp066
発現宿主: Escherichia coli str. 'clone D i2' (大腸菌)
参照: UniProt: B2CWG9
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ni
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 50 mM CaCl2 6 - 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.41 Å / Num. obs: 8422 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 84.55 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05385 / Rpim(I) all: 0.01841 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 23.92
反射 シェル解像度: 2.45→2.538 Å / Num. unique obs: 846 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3cz3
解像度: 2.45→47.41 Å / SU ML: 0.3519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 36.275
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 873 10.31 %
Rwork0.2112 --
obs0.2169 8469 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 96.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1270 0 1 0 1271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.80291748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1089197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0517484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.45-2.60.48751260.462127999.72
2.6-2.80.41011540.343124299.64
2.8-3.090.36211600.262124299.93
3.09-3.530.33511380.23621267100
3.53-4.450.26581510.19841276100
4.450.20381440.1771129098.08
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.51005377608 Å / Origin y: 34.1144657168 Å / Origin z: 34.3344084394 Å
111213212223313233
T0.654352459791 Å20.00313330300751 Å20.0805882153363 Å2-0.843348719496 Å20.0164530742859 Å2--0.697562037253 Å2
L4.40852193895 °2-0.0517002356538 °22.42489769022 °2-3.8595020142 °21.44625202889 °2--3.68444385237 °2
S0.136391623929 Å °0.104541592395 Å °-0.254082843463 Å °0.0465908980171 Å °-0.329132720103 Å °0.279264076393 Å °0.127813302456 Å °-0.466745928694 Å °-9.05810111537E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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