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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s5i | ||||||
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タイトル | Structure of the Lausanne variant of myxoma virus M062 protein | ||||||
要素 | M62R | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / myxoma virus / M062 / SAMD9 / C7L superfamily / host-range factor / innate immunity / viral antagonism | ||||||
機能・相同性 | Poxvirus C7/F8A / Poxvirus C7/F8A protein / viral process / NICKEL (II) ION / M062R 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Myxoma virus (ミクソーマウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | O'Byrne, P. / Khan, A.R. | ||||||
資金援助 | アイルランド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the Lausanne variant of myxoma virus M062 protein 著者: O'Byrne, P. / Khan, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s5i.cif.gz | 87.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s5i.ent.gz | 58.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6s5i_validation.pdf.gz | 399.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6s5i_full_validation.pdf.gz | 401.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6s5i_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6s5i_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18650.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Myxoma virus (ミクソーマウイルス) 遺伝子: m062R, m062R, MYXV_gp066 発現宿主: Escherichia coli str. 'clone D i2' (大腸菌) 参照: UniProt: B2CWG9 |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.5 50 mM CaCl2 6 - 8% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→47.41 Å / Num. obs: 8422 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 84.55 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05385 / Rpim(I) all: 0.01841 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 23.92 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.538 Å / Num. unique obs: 846 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3cz3 解像度: 2.45→47.41 Å / SU ML: 0.3519 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.29 / 位相誤差: 36.275
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.51005377608 Å / Origin y: 34.1144657168 Å / Origin z: 34.3344084394 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |