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- PDB-6s5h: Structure of the human RAB38 in complex with GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s5h
タイトルStructure of the human RAB38 in complex with GTP
要素Ras-related protein Rab-38
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / GTPase / Ras-related protein Rab-38 / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / phagosome acidification / AP-1 adaptor complex binding / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / endosome to melanosome transport / platelet dense granule organization / melanosome assembly / positive regulation of melanin biosynthetic process / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site ...BLOC-2 complex binding / AP-3 adaptor complex binding / phagosome acidification / AP-1 adaptor complex binding / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / endosome to melanosome transport / platelet dense granule organization / melanosome assembly / positive regulation of melanin biosynthetic process / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / RAB geranylgeranylation / GTP-dependent protein binding / melanosome membrane / melanosome organization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to membrane / positive regulation of protein localization to cell periphery / small GTPase-mediated signal transduction / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / endomembrane system / small monomeric GTPase / mitochondrion organization / intracellular protein transport / trans-Golgi network / phagocytic vesicle membrane / melanosome / protein transport / cell body / early endosome / lysosome / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ras-related protein Rab29/Rab38/Rab32 / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-38
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Diaz-Saez, L. / Jung, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Huber, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the human RAB38 in complex with GTP
著者: Diaz-Saez, L. / a Jung, S. / Huber, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,78915
ポリマ－23,4431
非ポリマー1,34614
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.804, 144.174, 77.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

EDO

21A-313-

BR

31A-505-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-38 / Melanoma antigen NY-MEL-1


分子量: 23442.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues not visible in the structure: 135 to 141 and 185 to end
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57729

-
非ポリマー , 5種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % PEG3350, 10 % ethylene glycol, 0.1 M Bis-Tris-propane pH6 .5, 0.2 M sodium bromide

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.76 Å / Num. obs: 14044 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 183431 / Scaling rejects: 206
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible allMean I/σ(I) obs
2-2.0513.10.64910050.9510.1850.675100
8.94-38.7611.20.0771910.9990.0230.08199.3
2-38.7613.10.13140440.9980.0370.13510012.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OEC

5oec


解像度: 2→38.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.014 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.151
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2094 697 5 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
obs0.1656 13318 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.48 Å2 / Biso mean: 28.47 Å2 / Biso min: 15.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.96 Å2-0 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 72 145 1615
Biso mean--36.17 39.32 -
残基数----175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6492105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3151.5813380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7595195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59822.59381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32115270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.225159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02327
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 43 -
Rwork0.19 958 -
all-1001 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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